Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
10696	CC(C)(CO)c1cc(CN2CCC(NC(=O)c3ccc(C(F)(F)F)cc3)CC2)cc(N)n1	AlphaDrug	4UND	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
10697	CC(C)(C)CNC(=O)N1CCN(S(=O)(=O)c2ccc(-c3cc(C(C)(C)CO)cc(-c4ccccc4)n3)cc2)CC1	AlphaDrug	4UND	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
10698	Cn1c(=O)[nH]c2cccc(-c3nc(-c4ccc(CN5CCCC5)cc4)cc(C(C)(C)CO)n3)c21	AlphaDrug	4UND	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
10699	CC(C)(CO)OC(=O)c1ccc(F)c(NC(=O)NC2(c3c[nH]c4ccc(C(F)(F)F)cc34)CCCCC2)c1	AlphaDrug	4UND	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
10700	CC(C)(CO)OC(=O)N1CCCN(c2ccc(C(F)(F)F)cc2)CC1	AlphaDrug	4UND	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
10701	CC(C)(CO)c1cc(-c2ccc(S(C)(=O)=O)cc2)nc(-c2cccc(NCc3ccc(F)cc3Cl)c2)n1	AlphaDrug	4UND	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
10702	CC(C)(CO)c1cc(CN2CCN(c3ccnc(NCc4ccc(C(F)(F)F)cc4)c3)CC2)nc(N)n1	AlphaDrug	4UND	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
10703	CC(C)C(=O)N1CCC(=Cc2ccc(C3=C(NC(=O)c4cc5c(O)cccc5n4Cc4ccc(Cl)cc4)CCCC3)cc2)CC1	AlphaDrug	6DH1	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
10704	CC1(C)CCCCC(c2ccc(-c3cccc(C(O)(CCC4CCCCC4)C(=O)O)c3)cc2)CC(=O)N1	AlphaDrug	6DH1	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
10705	CC(C)CSC(=NC(C)(C)C)c1ccc(-c2ccccc2C(=O)O)cc1	AlphaDrug	6DH1	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
10706	CC(C)C(=O)N1CCC(Nc2cc(Cl)c(C(=O)N3CCC(NC(=O)c4ccc(C(=O)O)cc4)CC3)cc2Cl)CC1	AlphaDrug	6DH1	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
10707	CC(C)C(=O)N1CCC(=Cc2ccc(C3=C(/N=N/c4ccc(Cl)cc4)CCCC3)cc2)CC1	AlphaDrug	6DH1	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
10708	CC(C)C(=O)N1CCC(=Cc2ccc(C3=C(NC(=O)c4ccc5c(C(=O)O)c[nH]c5c4)CCCC3)cc2)CC1	AlphaDrug	6DH1	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
10709	CC(C)C(=O)N1CCC(=Cc2ccc(C3=C(NC(=O)c4ccc5c(O)cc(O)c(O)c5n4)CCCC3)cc2)CC1	AlphaDrug	6DH1	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
10710	CC(C)C(=O)N1CCC(=Cc2ccc(C3=C(NC(=O)c4cnn[nH]4)CCCC3)cc2)CC1	AlphaDrug	6DH1	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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