Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
10651	CCC1(C)CCN(S(=O)(=O)c2ccc(-c3cc(C4CCC5C(=O)N5C4)cc(C(F)(F)F)c3)cc2)CCO1	AlphaDrug	4ZOW	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
10652	CCC1(C)CCN(S(=O)(=O)c2ccc(-c3cc(F)ccc3CCCc3ccccc3CCCN3CCCCC3)cc2)CCO1	AlphaDrug	4ZOW	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
10653	Cc1cc(C(=O)N2CCCC2C(=O)NC(Cc2c[nH]c3c(Cl)cccc23)C(=O)NCc2ccc(C(F)(F)F)cc2)no1	AlphaDrug	4XTZ	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
10654	Cc1cc(C(=O)N2CCCC2C(=O)NC(Cc2c[nH]c3ccccc23)C(=O)NC(Cc2ccccc2)C(=O)O)no1	AlphaDrug	4XTZ	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
10655	Cc1cc(C(=O)N2CCCC2C(=O)NC(Cc2c[nH]c3ccccc23)C(=O)NCc2ccc(Cl)cc2)no1	AlphaDrug	4XTZ	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
10656	Cc1cc(C(=O)N2CCCC2C(=O)NC(Cc2c[nH]c3ccccc23)C(=O)NC(Cc2ccc(F)cc2)C(=O)O)no1	AlphaDrug	4XTZ	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
10657	Cc1ccc(-c2cc(-c3cc(C)on3)cnc2N)cc1	AlphaDrug	4XTZ	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
10658	Cc1cc(C(=O)N2CCCC2C(=O)NC(Cc2c[nH]c3ccccc23)C(=O)N2CCCCC2C(=O)NC(Cc2ccccc2)C(=O)NC2CCC(O)C2)no1	AlphaDrug	4XTZ	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
10659	CC(NC(=O)CCc1ccc2ccccc2c1)C(=O)NC(Cc1ccccc1)C(=O)NC(Cc1ccncc1)C(F)(F)F	AlphaDrug	4XTZ	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
10660	Cc1cc(C(=O)N2CCCC2C(=O)NC(Cc2c[nH]c3ccccc23)C(=O)NC(Cc2ccccc2)C(=O)NCc2ccccc2)no1	AlphaDrug	4XTZ	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
10661	Cc1cc(C(=O)N2CCCC2C(=O)NC(Cc2c[nH]c3ccccc23)C(=O)NC(Cc2cccc(C(F)(F)F)c2)C(=O)O)no1	AlphaDrug	4XTZ	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
10662	Cc1cc(C(=O)N2CCCC2C(=O)NC(Cc2c[nH]c3c(Cl)cccc23)C2CCCCC2)no1	AlphaDrug	4XTZ	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
10663	CC(C)(Oc1cccc(-c2cccc(OCc3cccc(C(F)(F)F)c3)c2)c1)S(=O)(=O)C1CCCCC1	AlphaDrug	6T1J	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
10664	CC(C)(Oc1cccc(-c2ccc(N3C=CN(C(=O)C4CC4)CC3)cc2)c1)c1cccc(C(=O)O)c1	AlphaDrug	6T1J	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
10665	CC(C)(Oc1cccc(-c2ccc(N3CCN(C(=O)C4CCCCC4)CC3)nc2)c1)C(=O)Cc1cccc(Cl)c1	AlphaDrug	6T1J	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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