Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
10591	CC(=O)N1CCCc2oc(-c3ccc(C(=O)NCC(N)NC(=O)c4ccccc4)cc3)nc2C1	AlphaDrug	4XTY	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
10592	CC(=O)Nc1ccc2c(-c3ccc(C(C)(C)N)cc3)nc(NCC3CCCCC3)nc2c1	AlphaDrug	4XTY	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
10593	CC(=O)N1CCCC(NC(=O)c2cc(-c3ccc(C(F)(F)F)cc3)ccc2N)C1	AlphaDrug	4XTY	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
10594	CC(C)CC(C(=O)NC(C)C)C(=O)NC(Cc1ccccc1)C(=O)NC(C(=O)NC(CC(=O)NC(C)C)C(=O)N1CCCC1C(N)=O)C(C)C	AlphaDrug	4XTY	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
10595	CCc1cc(C(=O)NC(CC(N)=O)C(=O)O)nc2cc(OC3CCCN(C(C)=O)C3)ccc12	AlphaDrug	4XTY	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
10596	Cc1cc(-c2ccc(C(=O)NCc3ccccc3)cc2)ccc1CN1CCN(c2ccc(S(=O)(=O)c3ccccc3)cc2)CC1	AlphaDrug	6H38	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
10597	Cc1cc(-c2ccc(S(=O)(=O)c3ccc(C(F)(F)F)cc3)cc2)ccc1CN1C=CN(c2ccc(S(=O)(=O)c3ccccc3)cc2)CC1	AlphaDrug	6H38	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
10598	Cc1cc(S(=O)(=O)CCC(C)(C)C(=O)NCc2ccc(S(C)(=O)=O)cc2)ccc1CN1CCN(c2ccc(C(=O)C(F)(F)F)cc2)CC1	AlphaDrug	6H38	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
10599	Cc1cc(S(=O)(=O)c2cc(C(F)(F)F)ccc2C)ccc1CN1CCN(c2ccc(C(=O)O)s2)CC1	AlphaDrug	6H38	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
10600	Cc1cc(Oc2ccc(C(=O)OCc3ccccc3OC(F)(F)F)cc2C)ccc1CN1CCN(S(=O)(=O)c2ccc(F)cc2)CC1	AlphaDrug	6H38	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
10601	Cc1cc(-c2ccc3n(C)nc-3cc2Cl)ccc1CN1CCN(c2ccc(S(=O)(=O)c3ccccc3)cc2)CC1	AlphaDrug	6H38	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
10602	COc1ccc(C(O)(Cc2ccc(C(F)(F)F)cc2)c2ccc(C(F)(F)F)cc2)cc1	AlphaDrug	6H38	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
10603	Cc1cc(CN2CCOC(c3nc(-c4ccccc4)sc3Cl)C2)c(S(=O)(=O)C(F)(F)F)cc1C	AlphaDrug	6H38	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
10604	Cc1cc(-c2ccc(S(=O)(=O)c3ccc(C(F)(F)F)cc3Cl)cc2)ccc1CN1CCN(c2ccc(S(=O)(=O)c3ccccc3)cc2)CC1	AlphaDrug	6H38	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
10605	Cc1cc(C(F)(F)F)ccc1CN1CCN(c2ccc(S(=O)(=O)c3ccccc3Cl)cc2)CC1	AlphaDrug	6H38	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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