DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
10576 COc1cc(C(C)CC2=C/C=C(/c3cccc(C(=O)O)c3)OC(F)(F)/C=C\2)ccc1OCC(=O)O AlphaDrug 5OH7 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10577 CC(CC1=C/C=C(/c2cccc(C(=O)O)c2)OC(F)(F)/C=C\1)c1cc(-c2cccc(F)c2)cc2ccccc12 AlphaDrug 5OH7 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10578 CC(CC1=C/C=C(/c2ccccc2)OC(F)(F)/C=C\1)c1ccc(C(=O)Nc2cccc(C(=O)O)c2)cc1 AlphaDrug 5OH7 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10579 CC(CC1=C/C=C(/c2cccc(NS(=O)(=O)c3ccc(Cl)cc3)c2)OC(F)(F)/C=C\1)C(=O)O AlphaDrug 5OH7 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10580 CC(Cc1ccc(OCc2cccc(NC(=O)c3ccc(C(F)(F)F)cc3)c2)cc1)C(=O)O AlphaDrug 5OH7 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10581 CC(CC1=C/C=C(/c2cccc(C(=O)O)c2)OC(F)(F)/C=C\1)c1cc(-c2cccc(Cl)c2)cc2ccccc12 AlphaDrug 5OH7 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10582 CC(C(=O)Nc1cccc(-c2cccc(CCC(=O)O)c2)c1)c1ccc(C(=O)O)cc1 AlphaDrug 5OH7 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10583 CC(Cc1ccc(C(=O)O)cc1)c1cc(Cl)c(C(=O)NC2CCCNC2)cc1Cl AlphaDrug 5OH7 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10584 CC(Cc1ccc(S(=O)(=O)c2ccc(C(=O)O)cc2)cc1)c1ccc(C(F)(F)F)cc1 AlphaDrug 5OH7 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10585 COc1ccc2cc(F)c(C(C)Cc3ccc(OC(F)(F)F)cc3)cc2c1 AlphaDrug 5OH7 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10586 CC(=O)c1cccc(-c2cc(C(F)(F)F)sc2NC(=O)NC2CCCC3(C(=O)O)CCC(C3)NC2=O)c1 AlphaDrug 4XTY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10587 CC(=O)N1CCCCCC1Cc1ccc(CNC(=O)c2ccc(C(F)(F)F)cc2)cc1 AlphaDrug 4XTY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10588 CC(=O)N1CCSC(C(=O)Nc2ccc(C(=O)N3CCC(C(=O)NCc4ccccc4)CC3)cc2)CC1 AlphaDrug 4XTY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10589 CC(=O)N1CCCCCC1Cc1ccc(-c2cccc(C(=O)NC(Cc3ccccc3)C(F)(F)F)n2)cc1 AlphaDrug 4XTY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10590 CC(=O)N1CCC(OC(=O)N2CCC(NC(=O)c3ccc(N4CCCC4)cc3)CC2)CC1 AlphaDrug 4XTY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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