DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
10561 CC(C)(C(=O)Nc1ccc(-c2ccc(O)cc2)cc1)c1cccc(CN2CCOCC2=O)c1 AlphaDrug 5ZA9 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10562 CC(C)(C(=O)NCc1ccn[nH]1)C(=O)Nc1ccc(-c2ccc(OCc3ccccc3)cc2)cc1 AlphaDrug 5ZA9 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10563 CC(C)(C(=O)NCc1ccc(O)c2[nH]ccc12)C(=O)Nc1ccc(-c2ccc(OCc3ccccc3)cc2)cc1 AlphaDrug 5ZA9 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10564 CC(C)(C(=O)NCCNc1nnn[nH]1)C(=O)Nc1ccc(-c2ccc(OCc3ccccc3)cc2)cc1 AlphaDrug 5ZA9 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10565 CC(C)(C(=O)NCc1ccc(O)c2ccccc12)C(=O)Nc1ccc(-c2ccc(OCc3ccccc3)cc2)cc1 AlphaDrug 5ZA9 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10566 CC(NC(=O)C(C)(C)C(=O)NCc1ccc(O)cc1)c1ccc(O)cc1 AlphaDrug 5ZA9 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10567 Cc1n[nH]c2ccc(-c3ccc(NC(=O)C(C)(C)c4ccc(C(N)=O)cc4)cc3)cc12 AlphaDrug 5ZA9 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10568 CN1CCN(c2ccc(NC(=O)C(C)(C)C(=O)CNc3nnn[nH]3)cc2)C(c2ccc(C(F)(F)F)cc2)C1 AlphaDrug 5ZA9 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10569 COc1ccc(CC2CCN(C(N)=O)CC3CCCC23)c(N)c1 AlphaDrug 4GVD ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10570 COc1ccc(CC2CCN(C(N)=O)CC3CCCC23)c(C)c1 AlphaDrug 4GVD ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10571 COc1ccc(CC2CCN(C(N)=O)CC3(C)CCCC23)c(N)c1OC AlphaDrug 4GVD ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10572 COc1ccc(CC2CCN(C(N)=O)CC3(C)CCCC23)c(Cl)c1 AlphaDrug 4GVD ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10573 COc1ccc(CC2CCN(C(N)=O)CC3(C)CCCC23)c(N)c1 AlphaDrug 4GVD ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10574 COc1ccc(CC2CCN(C(N)=O)CC3CCCC23)c(N)c1O AlphaDrug 4GVD ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10575 COc1ccc(CC2CCN(C(N)=O)CC3(C)CCCC23)c(O)c1 AlphaDrug 4GVD ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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