DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
10546 CC(C)CC(NC(=O)CNC(=O)c1cc(-c2cccc(C(F)(F)F)c2)n[nH]1)C(=O)NCCc1ccc2c(c1)OCO2 AlphaDrug 6MLJ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10547 CC(C)CC(NC(=O)CNC(=O)c1cc(-c2cccc(C(F)(F)F)c2)n[nH]1)C(=O)NC(C(=O)O)c1ccccc1 AlphaDrug 6MLJ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10548 CC(C)CC(NC(=O)CNC(=O)c1cc(-c2cccc(C(F)(F)F)c2)n[nH]1)C(=O)NCCn1ccc(C(=O)O)c1 AlphaDrug 6MLJ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10549 CC(C)CC(NC(=O)CNC(=O)c1cc(-c2cccc(C(=O)NC(C)c3ccccc3)c2)n[nH]1)C(=O)O AlphaDrug 6MLJ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10550 COc1ccc(C(=O)NC(CC2CCCCC2)C(=O)NCCC[SH](N)(=O)C(=O)NC(CCCCN)C(=O)O)cc1 AlphaDrug 6MLO ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10551 COc1ccc(C(=O)NC(CC2CCCCC2)C(=O)NCC(=O)NC(CC(=O)O)C(=O)O)cc1 AlphaDrug 6MLO ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10552 COc1ccc(C(=O)c2nn(CCOC(=O)c3ccc(N4CCN(C)CC4)cc3)c3ccccc23)cc1 AlphaDrug 6MLO ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10553 COc1cccc(-n2nc(C(=O)NCCCOc3ccc(OCC(=O)O)c(-c4ccccc4)c3)c(=O)n2C)c1 AlphaDrug 6MLO ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10554 COc1ccc(-c2cc3[nH]c(=O)[nH]c(=O)c3cc2-c2ccc(C)cc2)cc1 AlphaDrug 6MLO ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10555 Cc1ccc(-c2ccc(C(=O)NCCCCN(CC(=O)O)c3ccc4ccccc4c3)o2)cc1 AlphaDrug 6MLO ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10556 COc1ccc(C(=O)NC(Cc2ccccc2)C(=O)NCc2ccc(Cl)cc2)cc1 AlphaDrug 6MLO ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10557 COc1ccc(-c2ccc(C(=O)NCCCC3(NC(=O)NCCCO)CCCCC3)s2)cc1 AlphaDrug 6MLO ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10558 COc1ccc(C(=O)NC(CC2CCCCC2)C(=O)NCc2cccc(N)c2)cc1 AlphaDrug 6MLO ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10559 CC(C)(C(=O)NCc1ccc(C(F)(F)F)cc1)C(=O)Nc1ccc(N2CCc3cccc(OCC(=O)O)c3C2)cc1 AlphaDrug 5ZA9 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10560 CC(C)(C)C(=O)Nc1ccc(C(=O)NCc2ccc3c(O)cccc3n2)cc1S(=O)(=O)N1CCC(c2cccc(C(F)(F)F)c2)CC1 AlphaDrug 5ZA9 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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