DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
10636 CCOC(=O)Cc1ccc(-c2nc(-c3sc4ccccc4c3C)cnc2N)cc1 AlphaDrug 5NKG ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10637 CC1CCCCN1c1nnc(-c2ccc(F)cc2)o1 AlphaDrug 5NKG ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10638 Cc1cccc(F)c1-c1nc(NC2CCC(C)CC2)c2ccncc2n1 AlphaDrug 5NKG ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10639 COc1ccc(-c2nnc(-c3ccc(C)cc3)o2)cc1 AlphaDrug 5NKG ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10640 CCc1cc(-c2nc(-c3ccc(N4CCN(C(C)C)CC4)cc3)no2)ccn1 AlphaDrug 5NKG ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10641 CC1CN(c2cc(-c3nc(C(F)(F)F)cnc3OCC3CCCC3)ccc2OC(F)F)CCN1 AlphaDrug 5NKG ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10642 Cc1ncc(F)c(-c2cccc(N3CCc4ccc5ccccc5c4CC3C)c2)n1 AlphaDrug 5NKG ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10643 Cc1cccc(F)c1-c1nc(NC2CCCC(C)CC2)c2ccncc2n1 AlphaDrug 5NKG ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10644 CCC1(C)CCN(S(=O)(=O)c2ccc(-c3cc(C4CCC(N5CCCCC5)CC4)cc(C(F)(F)F)c3)cc2)CCO1 AlphaDrug 4ZOW ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10645 CCC1(C)CCN(S(=O)(=O)c2ccc(-c3cc(C4CCCNC4=O)cc(C(F)(F)F)c3)cc2)CCO1 AlphaDrug 4ZOW ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10646 CCC1(C)CCN(S(=O)(=O)c2ccc(-c3cc(C4CCC(NCCO)CC4)cc(C(F)(F)F)c3)cc2)CCO1 AlphaDrug 4ZOW ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10647 CCC1(C)CCN(S(=O)(=O)c2ccc(-c3cc(C(O)CN4CCCCC4)ccc3C(F)(F)F)cc2)CCO1 AlphaDrug 4ZOW ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10648 CCC1(C)CCN(c2ccc(CCc3cc(C)cc4nn(C)nc34)cc2)CCO1 AlphaDrug 4ZOW ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10649 CNC(=O)c1ccc(-c2ccc(CCc3cccc4ccccc34)c(C(F)(F)F)c2)cc1 AlphaDrug 4ZOW ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10650 CCC1(C)CCN(S(=O)(=O)c2ccc(-c3cc(C4CCCC(C(=O)O)C4)ccc3C)cc2)CCO1 AlphaDrug 4ZOW ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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