DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
10741 CC(C)(O)c1ccc(C(=O)NCC(=O)Nc2cnc(NC3CCN(S(C)(=O)=O)CC3)s2)cc1 AlphaDrug 5O9Q ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10742 Cn1c(-c2ccc(C3CCCCC3CNC(=O)c3ccc(C(C)(C)O)cc3)cc2)cc2ccccc2c1=O AlphaDrug 5O9Q ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10743 Cc1nc(-c2ccc(-c3cnc(NCC4CC4)nc3-c3ccc4cc[nH]c4c3)cc2)ns1 AlphaDrug 5X62 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10744 Cc1nc(-c2cc(CN3CCN(c4ncc(C(=O)Nc5cc(N6CCCC6)ncn5)cn4)CC3)cc(C(F)(F)F)c2)no1 AlphaDrug 5X62 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10745 Cc1nc(-c2ccc(-c3ccn4c(-c5ccc(NC(=O)NCC(F)(F)F)cc5)cnc4c3)cc2)no1 AlphaDrug 5X62 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10746 COc1cc(Nc2ncc(F)c(Nc3ccc4c(n3)NC(=O)C(C)(C)O4)n2)cc(OC)c1OC AlphaDrug 5X62 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10747 Cc1nccc(-c2cnc3cc(NC(=O)c4ccc(CN5CCCC5)cc4)ccc3c2)n1 AlphaDrug 5X62 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10748 Cc1ncnc(-c2ccc(-c3cnc(N)c(C(=O)NC4CCCNC4)c3)cc2)n1 AlphaDrug 5X62 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10749 Cc1nc(-c2ccc(-c3cnc(N)s3)cc2)no1 AlphaDrug 5X62 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10750 Cc1nc(-c2ccc(-c3cnc(NCC4CC4)nc3-c3ccc4cc[nH]c4c3)cc2)no1 AlphaDrug 5X62 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10751 COCCN1CCN(c2ccc(Nc3ncc(-c4cnc(C)o4)c(NC(=O)c4ccc(F)cc4)n3)nc2)CC1 AlphaDrug 5X62 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10752 Cc1nc(-c2cnc3cc(NC(=O)c4ccc(CN5CCCC5)cc4)ccc3c2)no1 AlphaDrug 5X62 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10753 CC(C)CC(NC(=O)c1ccc(-c2ccc(C(=O)O)cc2)cc1)c1cn(C2CCN(C(N)=O)CC2)c2c(Cl)cccc12 AlphaDrug 5KAD ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10754 CC(C)CC(NC(=O)c1ccc(-c2ccc(C(=O)O)cc2)cc1)c1cn(C2CCCCC2)c2ccccc12 AlphaDrug 5KAD ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10755 CC(C)CC(NC(=O)c1ccc(-c2ccc(C(=O)O)cc2)cc1)c1cn(C2CCCC2)c2ccccc12 AlphaDrug 5KAD ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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