DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
10771 Cc1ccc(CC(=O)O)c(C(=O)c2cccc(-c3cccc(C(=O)O)c3)c2)c1 AlphaDrug 5ER4 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10772 Cc1cc(CC(=O)O)ccc1-c1cccc(-c2cccc(C(=O)O)c2)c1 AlphaDrug 5ER4 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10773 Cc1ccc(-c2cccc(C(=O)O)c2)cc1N1CCN(C(=O)c2ccccc2)CC1 AlphaDrug 5ER4 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10774 Cc1cccc(F)c1NC(=O)c1ccc(N2CCN(C(=O)C(Cc3c[nH]c4ccccc34)NC(=O)OCc3ccccc3)CC2)cc1 AlphaDrug 5ER4 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10775 Cc1ccc(CC2CCN(c3ccccc3)CC2)cc1NC(=O)c1ccc(C(=O)OC(C)C)cc1 AlphaDrug 5ER4 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10776 Cc1ccc(-c2cccc(C(C)(C)C#N)c2)cc1NC(=O)CNC(=O)c1ccccc1 AlphaDrug 5ER4 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10777 Cc1ccc(-c2cccc(C(C)(C)C#CC(=O)O)c2)cc1NC(=O)c1ccccc1 AlphaDrug 5ER4 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10778 Cc1sc(-c2cccc(C(F)(F)F)c2)c(C)c1C(=O)NC(CC(C)C)c1cccc(NC(=O)c2cccc(OC(F)(F)F)c2)c1 AlphaDrug 6PVW ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10779 Cc1sc(-c2cccc(C(F)(F)F)c2)c(C)c1C(=O)NC(CC(C)C)c1cccc(NC(=O)c2ccc(Oc3ccccc3)cc2)c1 AlphaDrug 6PVW ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10780 Cc1sc(-c2nc3cc(Cl)ccc3[nH]2)c(C)c1C(=O)NC(CC(C)C)C(=O)NC(=O)c1cccc(Oc2ccccc2)c1 AlphaDrug 6PVW ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10781 CC(C)CS(=O)(=O)C1CCN(C(=O)C2CC=CN2S(=O)(=O)c2ccc(Oc3ccccc3)cc2)CC1 AlphaDrug 6PVW ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10782 Cc1cc(C)cc(-c2cccc(-c3sc(C)c(C(=O)NC(CC(C)C)C(=O)NC(=O)NCC(=O)O)c3C)c2)c1 AlphaDrug 6PVW ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10783 Cc1sc(-c2cccc(C(F)(F)F)c2)c(C)c1C(=O)NC(CC(C)C)c1cccc(NC(=O)OC2CCCC2C)c1 AlphaDrug 6PVW ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10784 Cc1sc(-c2cccc(C(F)(F)F)c2)c(C)c1C(=O)NC(CC(C)C)c1cccc(NC(=O)c2ccc(O)cc2)c1 AlphaDrug 6PVW ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10785 Cc1ccc(-c2cccc(-c3sc(C)c(C(=O)NC(CC(C)C)C(=O)NC(=O)NCC(=O)O)c3C)c2)cc1C AlphaDrug 6PVW ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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