DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
10756 CC(C)CC(NC(=O)c1ccc(-c2ccc(C(=O)O)cc2)cc1)c1ccc(F)c(Cl)c1 AlphaDrug 5KAD ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10757 CC(C)CC(NC(=O)c1ccc(-c2ccc(C(=O)O)cc2)cc1)c1ccccc1 AlphaDrug 5KAD ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10758 CC(C)CC(NC(=O)c1ccc(CCCCCc2ccccc2)cc1)C(=O)NCCC(=O)O AlphaDrug 5KAD ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10759 COc1ccc(S(=O)(=O)C(C)CCN2C(=O)c3cc(-c4ccc(F)cc4F)ccc32)cc1 AlphaDrug 5KAD ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10760 CC(C)CC(NC(=O)c1ccc(-c2ccc(C(=O)O)cc2)cc1)c1cnco1 AlphaDrug 5KAD ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10761 CC(C)CC(NC(=O)c1ccc(-c2ccc(C(=O)O)cc2)cc1)c1cn(C2CCCNC2)c2ccccc12 AlphaDrug 5KAD ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10762 CC(C)CC(NC(=O)c1ccc(-c2ccc(C(=O)O)cc2)cc1)c1cn(C2CCN(c3ccccc3)CC2)nn1 AlphaDrug 5KAD ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10763 O=C1N=C2C=c3cc(C(=O)O)ccc3=C2N1 AlphaDrug 5OKU ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10764 O=C(O)C1CCC(n2c(-c3cc(Nc4ccc(F)cc4)ncc3F)nc3ccccc32)CC1 AlphaDrug 5OKU ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10765 O=C(O)C1CCC(n2c(-c3ccc(C4CCC4)cc3)nc3ccccc32)CC1 AlphaDrug 5OKU ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10766 O=C1NC(c2ccc(O)cc2)CCCC1O AlphaDrug 5OKU ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10767 O=C(O)C1CCC(n2c(-c3ccc(-c4ccccc4)cc3)nc3ccccc32)CC1 AlphaDrug 5OKU ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10768 Cc1cc(-c2cccc(C(C)(C)C#CC(=O)O)c2)ccc1NC(=O)c1ccccc1 AlphaDrug 5ER4 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10769 Cc1ccc(-c2cccc(C(=O)O)c2)cc1NC(=O)c1cccc(C(F)(F)F)c1 AlphaDrug 5ER4 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10770 Cc1ccc(-c2cccc(C(=O)O)c2)cc1NC(C)Cc1ccccc1 AlphaDrug 5ER4 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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