DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
10801 CC(C)(C)N1C=CN(c2cc(-c3nc(NCC4CC4)nc(Nc4ccc(F)cc4)n3)ccn2)CC1 AlphaDrug 6OQC ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10802 CC(C)(C)N1CCN(c2cc(-c3noc4c(N)nc(N5CCC(N6CCC(N7CCCCC7)CC6)CC5)nc34)ccn2)CC1 AlphaDrug 6OQC ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10803 CC(C)(C)N1CCN(c2cc(-c3nc(Nc4ccc(Cl)cc4)nc4ncccc34)ccn2)CC1 AlphaDrug 6OQC ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10804 CC(C)(C)N1CCN(c2cc(-c3nc(Nc4ccc(C(F)(F)F)cc4)nc4ccccc34)ccn2)CC1 AlphaDrug 6OQC ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10805 CC(C)(C)N1CCN(c2cc(C(=O)O)cc(Nc3ncnc4c(-c5cnnn5C5CC5)cccc34)n2)CC1 AlphaDrug 6OQC ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10806 CC(C)(C)N1CCN(c2cc(-c3nc(C(=O)O)cc(N)c3C(=O)NCc3cccc(F)c3)ccn2)CC1 AlphaDrug 6OQC ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10807 CC(C)(C)N1CCN(c2cc(-c3nc4c(N)nc(N5CCC(C(=O)O)CC5)nc4n3C3CC3)ccn2)CC1 AlphaDrug 6OQC ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10808 CC(C)(C)CN1CCC(Oc2cccc(-c3cccc4ccccc34)c2)CC1 AlphaDrug 5AOL ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10809 CCN(CC)C(=O)c1ccc2cc(-c3cccc(OC)c3)ccc2n1 AlphaDrug 5AOL ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10810 CC(C)C(=O)NCC(Cc1ccccc1)c1ccc(-c2cccc3ccccc23)cc1 AlphaDrug 5AOL ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10811 Cc1ccccc1C(=O)N1CCC(NC(=O)c2cccc3ccc(C(C)C)cc23)CC1 AlphaDrug 5AOL ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10812 CC(C)CN(c1cccc(-c2cccc(-c3cccnc3)c2)c1)S(C)(=O)=O AlphaDrug 5AOL ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10813 CC(C)CC(=O)Nc1ccc2cc(-c3cccc(OCC4CC4)c3)ccc2n1 AlphaDrug 5AOL ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10814 CC(C)CN(CC(=O)Nc1cccc(-c2ccccc2)c1)c1cnc(C(F)(F)F)cn1 AlphaDrug 5AOL ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10815 CC(C)N(C)CC(=O)c1ccc2cc(-c3cccc(OCC4CC4)c3)ccc2n1 AlphaDrug 5AOL ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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