DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
10846 CCc1c(C)nn2c(-c3cccc(F)c3)c(F)c(-c3cccc(C(=O)O)c3)cc12 AlphaDrug 4CSS ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10847 CCc1c(C)nn2c(-c3cccc(-c4ccc(C(=O)O)cc4)c3)c(F)c(-c3ccccc3)cc12 AlphaDrug 4CSS ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10848 Cc1cccc(Cl)c1-c1ccc(CN2CCCCC2)cc1 AlphaDrug 4PMM ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10849 Cc1cccc2cc(-n3c4ccccc4c(=O)n3-c3ccc(F)cc3)ccc12 AlphaDrug 4PMM ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10850 Cc1cccc2nc(-c3c(N)ncc(-c4ccccc4)c3N)[nH]c12 AlphaDrug 4PMM ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10851 Cc1cccc2cc(-c3nc(-c4ccc(N5CCN(C6CC6)CC5)cc4)cn3C)ccc12 AlphaDrug 4PMM ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10852 Cc1cccc2cc(-n3c(C)cnc3-c3ccc(Cl)cc3)ccc12 AlphaDrug 4PMM ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10853 Cc1cccc2cc(-n3nnc(Nc4ccc(C(F)(F)F)cc4)c3C)ccc12 AlphaDrug 4PMM ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10854 Cc1cccc2cc(-n3c4ccccc4c(=O)n3-c3ccc(F)cc3)ccc12 AlphaDrug 4PMM ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10855 Cc1ccccc1CNC(=O)c1cc(C(F)(F)F)ccc1NCc1ccccc1 AlphaDrug 4PMM ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10856 Cc1cccc2cc(-n3c4ccccc4c(=O)n3CCN3C=COCC3)ccc12 AlphaDrug 4PMM ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10857 Cc1cccc2cc(-n3c(C(=O)NC4CCCNC4)c4cccnc4c3-c3ccccc3)ccc12 AlphaDrug 4PMM ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10858 C/C(=C\CN1CCCCC1)c1cc(Cl)c(-c2ccc(Cl)cc2)cc1O AlphaDrug 4W9I ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10859 CN(C(=O)c1ccccc1)C1CC2(C)n3c4ccccc4c4c5c(c6c7ccccc7n(c6c43)C2(C)O1)C(=O)N=C5 AlphaDrug 4W9I ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10860 CN1C2(C)CC(n3cc(Nc4ccc(F)cc4F)nc3-c3ccc(F)cc3)OC2(C)S1(=O)=O AlphaDrug 4W9I ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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