Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
10831	O=C(Nc1ccc(Cl)cc1)Nc1ccc(-c2ccc(F)cc2)nc1NC1CCCC(CO)C1	AlphaDrug	5WCM	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
10832	CC(C)(O)C1C=C(c2ccc(-n3cc(-c4cnn(CC5CCCCC5)c4)nn3)cc2)CC1	AlphaDrug	5WCM	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
10833	Cn1c(N)nnc1-c1ccc(C2=CC(C(C)(C)O)CC2)cc1	AlphaDrug	5WCM	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
10834	CC(C)(C)c1cnc2c(-c3ccc(S(=O)(=O)Nc4ccc(-c5ccc(C(F)(F)F)cc5)cc4)cc3)cnc(N)c2c1	AlphaDrug	5WCM	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
10835	CC(C)(O)C1C=C(c2ccc(-c3nc(-c4ccc(CN5CCOCC5)cc4)cnc3N)cc2)CC1	AlphaDrug	5WCM	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
10836	CC(C)(O)C1C=C(c2ccc(-c3cnc(N)nc3NC3CCCCC3)cc2)CC1	AlphaDrug	5WCM	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
10837	Cc1c(-c2cnn(CC3CCCCC3)c2)nnn1-c1ccc(C(C)C)nc1	AlphaDrug	5WCM	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
10838	CCc1c(C)nn2c(-c3cccc(C(=O)O)c3)c(F)c(-c3cccc(F)c3F)cc12	AlphaDrug	4CSS	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
10839	CCc1c(C)nn2c(-c3cccc(C(=O)O)c3)c(F)c(-c3ccc(OCCC4CC4)cc3)cc12	AlphaDrug	4CSS	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
10840	CCc1c(C)nn2c(-c3ccc(C(=O)O)cc3)c(F)c(-c3ccccc3)cc12	AlphaDrug	4CSS	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
10841	CCc1c(C)nn2c(-c3cccc(C(=O)O)c3)c(F)c(-c3ccc(F)c(F)c3)cc12	AlphaDrug	4CSS	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
10842	CCc1c(C)nn2c(-c3cccc(C(=O)O)c3)c(F)c(-c3ccc(Cl)cc3)cc12	AlphaDrug	4CSS	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
10843	CCc1c(C)nn2c(-c3cccc(C(=O)O)c3)c(F)c(-c3ccc(Cl)cc3O)cc12	AlphaDrug	4CSS	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
10844	CCc1c(C)nn2c(-c3cccc(S(N)(=O)=O)c3)c(F)c(-c3ccccc3)cc12	AlphaDrug	4CSS	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
10845	CCc1c(C)nn2c(-c3cccc(C(=O)O)c3)c(F)c(-c3ccccn3)cc12	AlphaDrug	4CSS	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

10831 to 10845 of 73725 items. Total 4915 pages.