DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
10936 COc1ccc(-c2ccc(CCCC3(N)CCCCC3)c3ncccc23)cc1C AlphaDrug 4Z2G ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10937 Cc1cccc(OCc2ccc(C3CCCCC3)cc2)c1 AlphaDrug 4Z2G ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10938 Cc1cc(OCc2cccc(C(F)(F)F)c2)ccc1-c1cccc(N2CCCC2)n1 AlphaDrug 4Z2G ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10939 Cc1cc(OCc2cccc(C(F)(F)F)c2)cc2ncc(-c3ccnc(N)c3)cc12 AlphaDrug 4Z2G ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10940 CC1CCC(c2ccc(-c3ccc(C4=CCCCC4)nc3)cc2)COC(=O)N1 AlphaDrug 4Z2G ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10941 Cc1cc(OCc2cccc(C(F)(F)F)c2)ccc1-c1ccc(C2=NCCCCC2)s1 AlphaDrug 4Z2G ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10942 Cc1cc(OCc2cccc(C(F)(F)F)c2)ccc1-c1ccc(C2(C(=O)/N=C/C3(C(F)(F)F)CC3)CCCC2)s1 AlphaDrug 4Z2G ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10943 Cc1ccc(COc2cc(C)c3c(CO)cccc3c2)cc1C AlphaDrug 4Z2G ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10944 Cc1cc(OCc2cccc(C(F)F)c2)cc2ccc(C(N)=O)cc12 AlphaDrug 4Z2G ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10945 Cc1cc(OCc2cccc(C3CCN(C(=O)C4CCCCC4)CC3)c2)cc(C2=NC(=O)N(c3ccccc3)C2)c1 AlphaDrug 4Z2G ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10946 Cc1cc(CC2CCCCC2)c2nc(Nc3ccc(F)c(Cl)c3)[nH]c2c1-c1ccc(O)c(O)c1 AlphaDrug 4Z2G ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10947 Cc1cc(OCc2cccc(C(F)(F)F)c2)ccc1-c1ccnc(N)c1 AlphaDrug 4Z2G ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10948 Cc1cc(OCc2cccc(C(F)(F)F)c2)ccc1-c1ccc2nccn2c1CO AlphaDrug 4Z2G ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10949 Cc1cc(OCc2ccccc2)ccc1-c1ccc(CCC(O)CCCC(=O)N2CCC(C(=O)N3CCCC3)CC2)c2nc[nH]c12 AlphaDrug 4Z2G ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10950 Cc1cc(OCc2cccc(C(F)(F)F)c2)cc2nc(N)nc(N)c12 AlphaDrug 4Z2G ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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