DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
10951 Cc1cc(OCc2cccc(C(F)(F)F)c2)ccc1-c1ccc2ncccc2c1F AlphaDrug 4Z2G ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10952 Cc1cc(OCc2cccc(C(F)(F)F)c2)ccc1-c1ccc(C2CCN(C(=O)CN3CCOCC3)CC2)o1 AlphaDrug 4Z2G ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10953 Cc1cc(OCc2cccc(C(F)(F)F)c2)ccc1-c1ccc(OC2CCCCC2)c(F)c1 AlphaDrug 4Z2G ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10954 Cc1cc(OCc2cccc(C(F)(F)F)c2)ccc1-c1ccc2c(c1)N(CCC(=O)O)C(=O)C(C)(C)C2 AlphaDrug 4Z2G ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10955 Cc1cc(OCc2cccc(C(F)(F)F)c2)ccc1-c1ccc2c(c1)CN(C)C(=O)C2 AlphaDrug 4Z2G ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10956 Cc1cc(OCc2cccc(C(F)(F)F)c2)ccc1-c1cccnc1OCC1CC1 AlphaDrug 4Z2G ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10957 Cc1cc(OCc2cccc(C(F)(F)F)c2)ccc1-c1ccc2ncccc2c1C1CC1 AlphaDrug 4Z2G ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10958 Cc1cc(OCc2cccc(C(F)(F)F)c2)ccc1-c1cccc(CCC2(C(=O)NC3CCCCC3)CCCC2)c1 AlphaDrug 4Z2G ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10959 Cc1cc(OCc2ccc(C(=O)Nc3ccccn3)cc2)cc2[nH]ccc12 AlphaDrug 4Z2G ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10960 Cc1cc(OCc2cccc(C(F)(F)F)c2)ccc1-c1ccc2[nH]nc(CC3CCCCC3)c2c1 AlphaDrug 4Z2G ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10961 Cc1cc(OCc2cccc(C(F)(F)F)c2)ccc1-c1cccc(NS(=O)(=O)c2cccc(F)c2)c1 AlphaDrug 4Z2G ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10962 Cc1cccc(CNC(=O)C2CCCCC2)c1-c1cc(N)[nH]c(=O)c1 AlphaDrug 4Z2G ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10963 Cc1cccc2cc(Oc3ccc(C4CCN(C(=O)C5CCCCC5)CC4)cc3)ccc12 AlphaDrug 4Z2G ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10964 Cc1cc(OCc2cccc(C(F)(F)F)c2)ccc1-c1ccc(C2=CCN(C(=O)CN3CCOCC3)CC2)nc1 AlphaDrug 4Z2G ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
10965 Cc1cc(OCc2cccc(C(F)(F)F)c2)ccc1-c1ccnc(C2(C(=O)/N=C/C3(C(=O)O)CC3)CCCC2)c1 AlphaDrug 4Z2G ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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