DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
11011 Cc1cc(Oc2cccc3ccccc23)ccc1-c1ccc(CN2CCCC2)c2ncccc12 AlphaDrug 4Z2G ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11012 Cc1cc(OCc2cccc(C(F)(F)F)c2)ccc1-c1ccc2c(c1)CC(NC(=O)C(=O)C(N)=O)C2 AlphaDrug 4Z2G ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11013 Cc1cccc2c1Cc1cc3cc(c1)OCC(/C=C\CCCCO3)CCCC(=O)N1CC(N)CCC1C2 AlphaDrug 4Z2G ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11014 CC1=CC(OCc2ccc(C(=O)O)cc2)=Cc2cccc(NS(=O)(=O)c3ccccn3)c2N1C AlphaDrug 4Z2G ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11015 Cc1cc(OCc2cccc(C(F)(F)F)c2)ccc1-c1ccc(OCCC2CC2)c(Cl)c1 AlphaDrug 4Z2G ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11016 Cc1cc(OCc2cccc(C(F)(F)F)c2)cc2nccc(C#N)c12 AlphaDrug 4Z2G ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11017 Cc1cc(OCc2cccc(C(F)(F)F)c2)cc2ccc(-c3ccc4ncccc4c3)cc12 AlphaDrug 4Z2G ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11018 Cc1cc(OCc2cccc(C(F)(F)F)c2)cc2cc(C(=O)N3C=CC(N4CCCCC4)CC3)ccc12 AlphaDrug 4Z2G ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11019 COc1cc(-c2c(C)cc(OCc3cccc(C(F)F)c3)cc2CCC2CCCCC2)ccc1OC1CCCC1 AlphaDrug 4Z2G ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11020 Cc1cc(OCc2cccc(C(F)(F)F)c2)ccc1-c1ccc(C2=CCN(C(=O)CN3CCOCC3)CC2)s1 AlphaDrug 4Z2G ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11021 Cc1cc(OCc2cccc(C(F)(F)F)c2)ccc1-c1ccc(OC2CCN(C(=O)C(=O)C3CCCCC3)C2)c(F)c1 AlphaDrug 4Z2G ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11022 CC1=CC(OCc2cccc(C(N)=O)c2)=Cc2cccc(NS(=O)(=O)c3ccccn3)c2N1C AlphaDrug 4Z2G ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11023 Cc1cc(OCc2cccc(C(F)(F)F)c2)ccc1-c1ccccc1O AlphaDrug 4Z2G ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11024 Cc1cc(OCc2cccc(C(F)(F)F)c2)ccc1-c1nc(C2CCCCC2)nc(C)c1C AlphaDrug 4Z2G ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11025 CC(C)CC(NC(=O)c1ccc(-c2ccc(CCC(=O)O)cc2)cc1)C(=O)NCC(C)(C)C AlphaDrug 5EKM ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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