DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
11026 CSCCC(NC(=O)c1cc(-c2ccccc2)on1)c1ccc(C(C)(C)C)cc1 AlphaDrug 5EKM ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11027 CC1CCCC=CC1Oc1cccc(C(F)(F)F)c1 AlphaDrug 5EKM ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11028 Cc1ccc(-c2ccc(C(=O)O)cc2)cc1NC(=O)c1ccc2cccc(C)c2c1 AlphaDrug 5EKM ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11029 Cc1ccc(CCC(=O)Nc2ccc3c(c2)c(-c2cccc(OCC(C)(C)O)c2)nn3C)cc1 AlphaDrug 5EKM ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11030 Cc1ccc(S(=O)(=O)N2CCC(NC(=O)c3ccc(C(F)(F)F)cc3)CC2)cc1 AlphaDrug 5EKM ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11031 COc1c(CCc2ccc(-c3ccccc3)cc2O)c(C)cc2[n+]1CCCC2 AlphaDrug 5EKM ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11032 CC(C)C(NC(=O)c1cc(-c2ccccc2)on1)c1ccc(C(C)(C)C)cc1 AlphaDrug 5EKM ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11033 CC(C)(C)CC(NC(=O)C(Cc1ccccc1)NC(=O)OC(C)(C)C)C(=O)NC(CC1CCCCC1)C(=O)NC(C(=O)OC(C)(C)C)C(=O)C(C)(O)C(=O)O AlphaDrug 5KO1 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11034 Cc1cc(-c2nnc(-c3ccc(C(=O)O)cc3)o2)ccc1OCC1CCN(c2ccc(C(F)(F)F)cc2)CC1 AlphaDrug 5KO1 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11035 CC(C)C(NC(=O)C(CC(C)(C)C)NC(=O)C(Cc1ccc2ccccc2c1)NC(=O)/C=C/C(C)(C)C(O)C(=O)O)C(=O)C1(O)CO1 AlphaDrug 5KO1 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11036 CC(C)(C)CC(NC(=O)c1ccc2nnn(C3CCN(C(=O)c4ccccc4)CC3)c2c1)C(=O)NC(C)(C)C AlphaDrug 5KO1 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11037 CC(C)(C)CC(NC(=O)Nc1cccc(C(F)(F)F)c1)C(=O)NC(Cc1ccccc1)C(=O)NCC(=O)O AlphaDrug 5KO1 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11038 CC(C)(C)CC(NC(=O)C(Cc1ccc2ccccc2c1)NC(=O)c1noc(-c2ccccc2)n1)C(=O)NCC(=O)O AlphaDrug 5KO1 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11039 CC(C)(C)CC(NC(=O)C(Cc1ccc2ccccc2c1)NC(=O)c1ccccc1)C(=O)NCc1ccccc1 AlphaDrug 5KO1 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11040 CC(C)CNC(=O)CN1CC(NC(=O)C(CC(C)(C)C)NC(=O)C(Cc2ccc3ccccc3c2)NC(=O)c2ccccc2)C1 AlphaDrug 5KO1 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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