Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
11326	CCC(CC(=O)NCCc1ccc(C(=O)O)cc1)C(=O)NC1CCCC1	AlphaDrug	6R13	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
11327	CC(C)NS(=O)(=O)c1cc(F)c(F)cc1C(=O)c1ccc(S(=O)(=O)CCN2CCN(c3ccc(F)cc3)CC2)cc1	AlphaDrug	6H36	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
11328	CC(C)NS(=O)(=O)c1cc(F)c(F)cc1C(=O)c1ccc(-c2cccc(C(=O)O)c2)cc1	AlphaDrug	6H36	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
11329	CC(C)NS(=O)(=O)c1cc(F)c(F)cc1C(=O)c1ccc(S(=O)(=O)c2ccc(O)cc2)cc1	AlphaDrug	6H36	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
11330	CC(C)NS(=O)(=O)c1cc(F)c(F)cc1C(=O)c1ccc(S(=O)(=O)CC2CCCCC2)cc1	AlphaDrug	6H36	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
11331	CC(C)NS(=O)(=O)c1cc(F)c(F)cc1C(=O)c1ccc(-n2nc(C(C)C)nc2C(=O)NCc2ccccc2)cc1	AlphaDrug	6H36	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
11332	CC(C)COC(=O)CCCc1ccc(C(=O)NCC2CCCC2)cc1C(=O)c1cc(F)c(F)cc1S(=O)(=O)NC(C)C	AlphaDrug	6H36	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
11333	Cc1cc(C(F)(F)F)ccc1CN1CCN(c2ccc(S(=O)(=O)c3ccc4c(-c5ccccc5)n[nH]c4c3)cc2)CC1	AlphaDrug	6H36	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
11334	CC(C)NS(=O)(=O)c1cc(F)c(F)cc1C(=O)c1cc(-c2cccc(C(=O)O)c2)ccc1N	AlphaDrug	6H36	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
11335	CC(C)NS(=O)(=O)c1cc(F)c(F)cc1C(O)(CNC1CCCCC1)c1ccc(C(F)(F)F)cc1	AlphaDrug	6H36	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
11336	CC(C)NS(=O)(=O)c1cc(F)c(F)cc1C(=O)c1ccc(-c2ccc(C(OCC(=O)O)c3ccccc3)cc2)cc1	AlphaDrug	6H36	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
11337	CC(C)(CNC(=O)c1ccc(-c2cccc(C(=O)O)c2)cc1)P(=O)(O)O	AlphaDrug	4NH8	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
11338	CC(C)(C)CCN(Cc1ccc(-c2cnc(OCC3CCCCC3)c3ccccc23)cc1)C(=O)O	AlphaDrug	4NH8	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
11339	CC(C)(C)CCN(Cc1cc(-c2ccc3ncccc3c2)c(C(F)(F)F)cc1O)C(=O)O	AlphaDrug	4NH8	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
11340	Cc1ccc(-c2nc3c(C)cccc3c(=O)n2C)cc1CN(CCC(C)(C)C)S(=O)(=O)c1cccc(CC(=O)O)c1	AlphaDrug	4NH8	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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