DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
11386 COc1ccccc1C(=O)C1CCN(c2cc(S(C)(=O)=O)nc(C)n2)CC1 AlphaDrug 5ZYG ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11387 N#CC(c1ccccc1)N1CCc2ccc(-c3cccc(OS(N)(=O)=O)c3)cc21 AlphaDrug 5M7S ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11388 NS(=O)(=O)Oc1cccc(-c2ccc3c(c2)N(C(=O)c2cccc(-c4ccc5ccccc5c4)c2)CC3)c1 AlphaDrug 5M7S ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11389 N#Cc1cc(NC(=O)Nc2ccc(S(N)(=O)=O)cc2Cl)ccc1OCC1CC1 AlphaDrug 5M7S ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11390 NS(=O)(=O)Oc1cccc(-c2nc(-c3ccccc3)n(C3CC3)n2)c1 AlphaDrug 5M7S ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11391 NS(=O)(=O)N1CCCC1COc1ccc(CCC2(C(=O)O)CC2)c2ccccc12 AlphaDrug 5M7S ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11392 Cc1cc(C(=O)NCCCCN2CCOCC2)cc2nc(N)[nH]c(=O)c12 AlphaDrug 5M7S ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11393 NS(=O)(=O)Oc1cccc(-c2ccc3c(c2)N(C(=O)c2cccc(-c4ccc5ccccc5c4)c2)CC3)c1 AlphaDrug 5M7S ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11394 NS(=O)(=O)Oc1cccc(-c2ccc3c(c2)N(C(=O)c2ccccc2-c2ccc(F)cc2)CC3)c1 AlphaDrug 5M7S ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11395 NS(=O)(=O)Oc1cccc(-c2ccc3c(c2)C(=O)NC(CCN2CCOCC2)CC3)c1 AlphaDrug 5M7S ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11396 NS(=O)(=O)Oc1cccc(-c2ccc3c(c2)CN(C(=O)c2ccc4c(c2)OCCO4)CCC3)c1 AlphaDrug 5M7S ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11397 Cc1cc(-c2c(Cl)cc(C(F)(F)F)cc2OCc2cccc(C(=O)O)c2)ccc1NC(=O)C1CCCC1 AlphaDrug 6I63 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11398 Cc1cc(C(=O)O)ccc1NC(=O)c1ccc(N2CCC(c3ccc(C4CC4)cc3)CC2)cc1 AlphaDrug 6I63 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11399 Cc1cc(C(=O)Nc2ccc(F)c(-c3ccc(N4CCN(C(N)=O)CC4)cc3)c2)ccc1NC(=O)C1CCCCC1 AlphaDrug 6I63 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11400 Cc1cc(-c2cc(Cl)nc(NS(=O)(=O)c3ccc(N4CCCC4)cc3)n2)ccc1NC(=O)C1CCCCC1 AlphaDrug 6I63 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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