DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
11341 CC(C)(C)CCN(Cc1cc(-c2c(C(=O)O)[nH]c3ccccc23)c(Cl)cc1O)S(=O)(=O)c1ccccc1 AlphaDrug 4NH8 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11342 CC(C)(C)CCN(Cc1ccc(-c2cnc(C(=O)O)nc2)cc1)C(=O)O AlphaDrug 4NH8 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11343 Cc1ccc(-c2nc3c(C)cccc3c(=O)n2C)cc1CN(CCC(C)(C)C)S(=O)(=O)c1cccc(C(F)(F)F)c1 AlphaDrug 4NH8 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11344 CC(C)(C)CCNC(=O)c1nc2c(C(=O)O)cc(Cl)cc2n1Cc1ccc(Cl)cc1 AlphaDrug 4NH8 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11345 CC(C)C1C=C(c2ccc(C(=O)Nc3ccc(C(=O)O)cc3)cc2)CC1 AlphaDrug 4NH8 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11346 CC(C)(C)CCN(Cc1cc(C(=O)O)cc(-c2ccccc2)c1)S(=O)(=O)c1ccc(N2CCN(C(=O)O)CC2)cc1 AlphaDrug 4NH8 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11347 CC(C)(C)c1ccc(C(=O)Cc2c(O)c(O)c3c(c2F)CCC(C(=O)O)C3=O)cc1 AlphaDrug 5OVR ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11348 CC(C)(C)c1ccc(C(=O)NC(C(=O)O)c2cnc(C(=O)O)c(-n3cncn3)c2)cc1 AlphaDrug 5OVR ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11349 CC(C)(C)c1ccc(C(=O)NC(C(=O)O)c2ccc3c(c2)C(=O)CCCC(=O)C(O)CCC3)cc1 AlphaDrug 5OVR ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11350 CC(C)(C)c1ccc(C(=O)NC(C(=O)O)c2cnc(C(=O)O)c(-c3cc(O)cc(OC(F)(F)F)c3)c2)cc1 AlphaDrug 5OVR ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11351 CC(C)(C)c1ccc(C(=O)NC(C(=O)O)c2cnc(CN3CCCC3)c(C(=O)O)c2)cc1 AlphaDrug 5OVR ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11352 CC(C)(C)c1ccc(C(=O)NC(C(=O)O)C(=O)Nc2cccc(Oc3ccc(C(F)(F)F)cc3)c2)cc1 AlphaDrug 5OVR ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11353 CC(C)(C)c1cc(-n2cnc3ccncc32)ccc1Oc1cccc(CNC(=O)c2ccccc2)c1 AlphaDrug 5OVR ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11354 CC(C)(C)c1ccc(C(=O)NC(C(=O)O)c2cnc(Oc3ccc(Cl)cc3)c(Cl)c2)cc1 AlphaDrug 5OVR ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11355 CC(C)(C)c1ccc(C(=O)NC(C(=O)O)c2cnc(C(=O)O)c(-c3cc(F)cc(OC(F)(F)F)c3)c2)cc1 AlphaDrug 5OVR ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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