Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
11371	CC1CC(c2ccccc2)CN1C(=O)c1ccc(C(=O)O)cc1	AlphaDrug	6PVE	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
11372	Cc1cccc(-c2cnc(N)c(NC3CCC(C)CC3)c2)c1	AlphaDrug	6PVE	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
11373	CC1CCN(C(=O)c2ccc(OC(=O)CCc3ccc(-c4cccc(C(F)(F)F)c4)cc3)cc2)CC1	AlphaDrug	6PVE	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
11374	CC1CCC(Nc2cccc(-c3ccc(C(C)(C)C#N)cc3)n2)CC1	AlphaDrug	6PVE	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
11375	CC1CCN(C(=O)c2ccc(C(C)(C)C#Cc3ccc(C(=O)NCc4ccccc4)cc3)cc2)CCO1	AlphaDrug	6PVE	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
11376	CC1CCC(Nc2cccc(C(=O)NCc3cccc(CN4CCCC4)c3)c2)CC1	AlphaDrug	6PVE	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
11377	COc1ccc(S(=O)(=O)c2[nH]nnc2CCCCC(=O)O)cc1	AlphaDrug	5ZYG	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
11378	COc1ccc(S(=O)(=O)N2CCC(NC(=O)c3cc(C(=O)NCc4cccc5ccccc45)ccc3C(F)(F)F)CC2)cc1	AlphaDrug	5ZYG	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
11379	COc1ccc(S(=O)(=O)N2CCC(CC(=O)NC(=O)c3cc(Cl)ccc3Cl)CC2)cc1	AlphaDrug	5ZYG	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
11380	COc1ccc(S(=O)(=O)N(CC2CCCCC2)c2ccc(Cl)cc2)cc1	AlphaDrug	5ZYG	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
11381	COc1ccc(S(=O)(=O)NCc2ccccc2O)cc1	AlphaDrug	5ZYG	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
11382	COc1ccc(S(=O)(=O)N(NC(=O)C2CCCCC2)C(=O)NCC(CCCN(C)c2ccccn2)c2ccc(Cl)cc2)cc1	AlphaDrug	5ZYG	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
11383	COc1ccc(S(=O)(=O)N2CCC(NC(=O)c3cc(N=C(c4ccccc4)c4ccccc4)nc4ccccc34)CC2)cc1	AlphaDrug	5ZYG	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
11384	COc1ccc(S(=O)(=O)N2CC(NS(=O)(=O)c3ccccc3)CC2Cc2ccc(C(=O)O)cc2)cc1	AlphaDrug	5ZYG	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
11385	COc1cccc(Oc2ccc(S(=O)(=O)c3ccccc3)cc2)c1	AlphaDrug	5ZYG	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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