DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
11851 CC(NC(=O)c1cccc(-c2cccc(NS(=O)(=O)C3CC3)c2)c1)c1cccc(Cl)c1 AlphaDrug 3ZJ6 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11852 Cc1cc(-c2cccc(C(F)(F)F)c2)cc2[nH]c(C(=O)NC(C)c3cc4cccc(C(=O)O)c4[nH]3)cc12 AlphaDrug 3ZJ6 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11853 FC(F)(F)c1cccc(-c2cc(-c3cccc(C(F)(F)F)c3)nc(N3CCCCC3)n2)c1 AlphaDrug 4NBL ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11854 O=C(Nc1ccccc1)c1cccc2ccc(-c3cccc(C(F)(F)F)c3)nc12 AlphaDrug 4NBL ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11855 O=C(Nc1ccccn1)c1cccc2ccc(-c3cccc(C(F)(F)F)c3)nc12 AlphaDrug 4NBL ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11856 FC(F)(F)c1cc(Cn2cnc3ccccc32)c(Cl)cc1-c1cnco1 AlphaDrug 4NBL ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11857 O=C(CCC#Cc1ncccc1-c1cncc(-c2cccc(C(F)(F)F)c2)c1)NC1CCCCC1 AlphaDrug 4NBL ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11858 O=C(Nc1ccc(-c2cncc(C(F)(F)F)c2)cc1)c1ccc(NC2CC2)nc1 AlphaDrug 4NBL ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11859 O=C(Nc1ccccc1)c1cccc2ccc(-c3cccc(C(F)(F)F)c3)nc12 AlphaDrug 4NBL ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11860 FC(F)(F)c1cccc(-c2ccc3ccccc3c2)c1 AlphaDrug 4NBL ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11861 O=C(Nc1ccccc1C(F)(F)F)c1cccc2ccc(-c3cccc(C(F)(F)F)c3)nc12 AlphaDrug 4NBL ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11862 Fc1ccc(-c2cc(-c3cccc(C(F)(F)F)c3)nc(NC3CC3)n2)cc1F AlphaDrug 4NBL ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11863 O=C1CC(Nc2ccc(Oc3ccc(-c4nc5ccccc5s4)cc3)cc2)(Nc2nc3ccccc3[nH]2)N1 AlphaDrug 4RA1 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11864 O=C1CC(Nc2ccc(Oc3ccc(-c4nc5ccccc5o4)cc3)cc2)(c2ccc3c(c2)OCCCO3)N1 AlphaDrug 4RA1 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11865 N#Cc1cccc(C(=O)N2CCc3cc(Oc4ccc(NC5NC(=O)O5)cc4)ccc3C2)c1 AlphaDrug 4RA1 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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