DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
11881 O=C(O)c1ccc(-c2cc(-c3ccc(Cl)cc3)nc(NC3CCCCCC3)n2)cc1 AlphaDrug 5EWA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11882 Cc1ccc(C(=O)N2CCCCC2)cc1C(=O)Nc1cc(-c2ccc(Cl)cc2)c(-c2ccccc2)o1 AlphaDrug 5EWA ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11883 Cc1ccc(-c2nc(Nc3ccc(-c4cccc5ccccc45)cc3)nc(C(=O)O)n2)cc1 AlphaDrug 5C28 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11884 Cc1ccc(-c2nc(Nc3ccc(-c4cccc5ccccc45)cc3)ncc2C(F)(F)F)cc1 AlphaDrug 5C28 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11885 Cc1ccc(-c2nc(Nc3ccc(-c4cccc5[nH]n(-c6cccc(C(F)(F)F)c6)c45)cc3)ncc2F)cc1 AlphaDrug 5C28 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11886 Cc1ccc(-c2ccc(C(=O)Nc3cc(-c4cccc(C(=O)O)c4)ccc3C(F)(F)F)cc2)cc1 AlphaDrug 5C28 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11887 Cc1ccc(-c2nc(Nc3ccc(-c4ncco4)cc3)ncc2C(F)(F)F)cc1 AlphaDrug 5C28 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11888 Cc1ccc(-c2nc(Nc3ccc(-c4no[nH]c4=O)cc3)ccc2C(=O)O)cc1 AlphaDrug 5C28 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11889 Cc1ccc(-c2nc(Nc3ccc(-c4cccc5ccccc45)cc3)nc3ccccc23)cc1 AlphaDrug 5C28 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11890 Cc1ccc(-c2cc(Nc3ccc(N4CCCCC4)cc3)ncc2C(F)(F)F)cc1 AlphaDrug 5C28 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11891 Cc1ccc(-c2nc(Nc3ccc(-c4cccc5ccccc45)cc3)ccc2C#N)cc1 AlphaDrug 5C28 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11892 Cc1ccc(-c2nc(Nc3ccc(-c4ncccn4)cc3)ncc2C(F)(F)F)cc1 AlphaDrug 5C28 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11893 CC(C)N1CCc2sc(-c3nc4ccccc4s3)nc21 AlphaDrug 5MWY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11894 CC(C)N1CCc2cc(-c3nc(N)nc4ccsc34)ccc21 AlphaDrug 5MWY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11895 CC(C)N1CCc2cc(-c3nc(N)nc(N)c3NC3CCOCC3)ccc21 AlphaDrug 5MWY ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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