Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
11926	COc1cc(C(C)(C)O)cc2oc(-c3cccc(OCC4CCNCC4)c3)nc12	AlphaDrug	6FE1	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
11927	COc1cc(C(c2ccccc2)c2ccc(F)cc2)cc2oc(N3CCC(NC(C)=O)CC3)nc12	AlphaDrug	6FE1	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
11928	COc1cc(C(c2ccccc2)c2cccc(-c3ccccc3)c2)cc2oc(N3CCC(NC(C)=O)CC3)nc12	AlphaDrug	6FE1	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
11929	COc1cc(C(O)CC(O)CN2CCN(c3cccc(-c4ccccc4)c3)CC2)cc2oc(N3CCC(NC(C)=O)CC3)nc12	AlphaDrug	6FE1	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
11930	COc1cc(-c2ccc(OCC(F)(F)F)cc2)cc2oc(-c3ccc(C(C)(C)C)cc3Cl)nc12	AlphaDrug	6FE1	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
11931	CC(C)C(=O)N1CCC(C(=O)N2CCC3(NC(=O)NC(Cc4ccccc4)C(C)(C)C)CCCC3C2)C1	AlphaDrug	4Q0K	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
11932	CC(CC1(C(=O)N2CCCCC2)CC1)C(=O)NCc1ccc(-c2cccc(-c3cccc(C(F)(F)F)c3)c2)cc1	AlphaDrug	4Q0K	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
11933	CC(C)C(=O)N1CCC(C(=O)N2CCC3(C(=O)NCc4ccc(C(C)(C)C)cc4)CCCC3C2)C1	AlphaDrug	4Q0K	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
11934	CC(C)C(=O)N1CCC(C(=O)N2CCC3(NC(=O)NC(=O)c4ccccc4C(=O)N4CCC(C(=O)O)CC4)CCCC3C2)C1	AlphaDrug	4Q0K	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
11935	CC(C)C(=O)N1CCC(C(=O)N2CCc3cc(Oc4ccccc4)ccc3C2)C1	AlphaDrug	4Q0K	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
11936	CC(C)COc1cccc(C(=O)N2CCCC2)c1C(=O)NC(C)C(=O)O	AlphaDrug	4Q0K	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
11937	CC(C)C(=O)N1CCC(C(=O)N2C=CC3(NC(=O)NC(=O)c4ccccc4C(F)(F)F)CCCC3C2)C1	AlphaDrug	4Q0K	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
11938	CC(C)C(=O)N1CCC(C(=O)N2CCc3ncc4nc(C(C)(C)C)n(C)c4c32)C1	AlphaDrug	4Q0K	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
11939	CC(C)C(=O)N1CCC(C(=O)N2CCC3(NC(=O)NC(=O)c4cccnc4)CCCC3C2)C1	AlphaDrug	4Q0K	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
11940	CC(C)C(=O)N1CCC(C(=O)N2CCC3(NC(=O)NC(=O)c4cc5cc(OC(F)(F)F)ccc5n4C)CCCC3C2)C1	AlphaDrug	4Q0K	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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