DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
11986 O=C(O)c1ccc(Cn2c(=O)[nH]c(=O)c3ccccc32)c2ccccc12 AlphaDrug 6NWK ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11987 O=C(O)c1cccc(Cn2c(=O)[nH]c(=O)c3ccccc32)c1 AlphaDrug 6NWK ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11988 O=C(O)c1ccc(Cn2c(=O)[nH]c(=O)c3ccccc32)c(-c2ccccc2)c1 AlphaDrug 6NWK ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11989 O=C(O)c1ccc(Cn2c(=O)[nH]c(=O)c3ccccc32)c(F)c1 AlphaDrug 6NWK ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11990 Cc1cc(C(=O)O)ccc1-c1cc2cc(C(F)(F)F)ccc2c(OC(C)C(=O)O)c1O AlphaDrug 5KAX ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11991 Cc1cc(-c2ccc(-c3cccc4ccccc34)cc2)ccc1-c1cc2ccccc2s1 AlphaDrug 5KAX ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11992 Cc1cc(-c2ccc(-c3ccccc3C(=O)NCCCC(=O)O)cc2)ccc1-c1cc2ccccc2s1 AlphaDrug 5KAX ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11993 Cc1cc(-c2ccccc2)ccc1N1CCC(C(=O)NO)CC1 AlphaDrug 5KAX ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11994 Cc1cc(CN(CC(C)C)c2cccc(C(F)(F)F)c2)ccc1NC(=O)OC(C(=O)O)C(=O)O AlphaDrug 5KAX ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11995 Cc1ccc(-c2cc(C(=O)C(C)C)c3ccccc3c2C(=O)NCCCC(=O)O)cc1 AlphaDrug 5KAX ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11996 Cc1cc(-c2ccc(-c3cccc4ccccc34)cc2)ccc1-c1cc2ccccc2s1 AlphaDrug 5KAX ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11997 Cc1cc(C(F)(F)F)ccc1-c1cnc2c(C(=O)O)cccc2c1 AlphaDrug 5KAX ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11998 Cc1cc(C(=O)NCC(=O)O)ccc1-c1cc2ccccc2o1 AlphaDrug 5KAX ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
11999 Cc1cc(C#N)ccc1-c1cc2ccc(C(=O)NO)cc2c(OC(F)(F)F)c1C(=O)NCC1CCCCC1 AlphaDrug 5KAX ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12000 C=CC(=O)N1CCN(c2ccc(Nc3nc(N4CCN(C)CC4)c4nc[nH]c4n3)cc2)CC1 AlphaDrug 6MJ4 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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