DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
12016 COc1cc(C2CCCCC2)ccc1NS(=O)(=O)c1ccc(C2(c3ccc(F)cc3)CC2)cc1 AlphaDrug 5LLI ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12017 COc1cc(C(=O)Nc2ccc(C3CC3)cn2)ccc1OS(=O)(=O)c1ccc(C2CC2)cc1 AlphaDrug 5LLI ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12018 COc1csc(-c2ccc(NS(=O)(=O)c3ccc(C4(c5ccc(F)cc5)CC4)cc3)c(OC)c2)n1 AlphaDrug 5LLI ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12019 COc1cc(C(=O)NC2CCCCC2)ccc1NC(=O)c1ccc(-c2ccccc2C)s1 AlphaDrug 5LLI ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12020 CCOc1cc(-c2cc(-c3cc(O)c(O)c(F)c3)cc3ccccc23)cc(C(C)(C)C(=O)O)c1 AlphaDrug 5CY9 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12021 CC(N)C(=O)c1c(C(C)C)n(Cc2ccc(-c3ccc(C(F)(F)P(=O)(O)O)cc3)cc2)c2ccc(OCC(=O)O)cc12 AlphaDrug 5CY9 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12022 CCOc1cc(-c2cc(-c3cc(F)ccc3C(=O)NC(=O)OC)cc3ccccc23)cc(C(C)(C)C(=O)O)c1 AlphaDrug 5CY9 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12023 CCOc1cc(-c2cc(-c3cncs3)cc3ccccc23)cc(C(C)(C)C(=O)O)c1 AlphaDrug 5CY9 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12024 CCOc1ccc(C(=O)O)cc1CNC(=O)c1ccc(N2C=CN(c3ccc(C(F)(F)F)cn3)CC2)cc1 AlphaDrug 5CY9 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12025 CCOc1cc(-c2cc(-c3cc(-c4ccncc4)ccn3)cc3ccccc23)cc(C(C)(C)C(=O)O)c1 AlphaDrug 5CY9 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12026 CCOc1cc(-c2cc(-c3cc(F)cc(O)c3C)cc3ccccc23)cc(C(C)(C)C(=O)O)c1 AlphaDrug 5CY9 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12027 CCOc1cc(C(=O)Nc2ccccc2CC(=O)O)ccc1OC AlphaDrug 5CY9 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12028 CCOc1cc(-c2cc(-c3cncc(Cl)c3)cc3ccccc23)cc(C(C)(C)C(=O)O)c1 AlphaDrug 5CY9 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12029 CCOc1cc(NC(=O)c2cccc(C(F)(F)F)c2)ccc1-c1cc(-c2cncnc2C)cc2ccccc12 AlphaDrug 5CY9 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12030 CC1CN(CCc2ccc(O)c(O)c2)CC(CO)N1S(=O)(=O)c1ccc(O)c(O)c1 AlphaDrug 5NK3 ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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