DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
12001 CN1C=CN(C(=O)Nc2ccc(-n3cnc4c(-c5ccc(F)cc5)cc(N)nc43)cc2)CC1 AlphaDrug 6MJ4 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12002 CN1CCN(c2ccc(-c3cc4ncc(-c5cccc(-c6cccc(C(=O)O)c6)n5)n4cn3)cc2)CC1 AlphaDrug 6MJ4 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12003 CN1CCN(c2ccc(-c3cc4ncc(-c5cccc(-c6ccncc6)c5)n4cn3)cc2)CC1 AlphaDrug 6MJ4 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12004 CN1CCN(C(=O)c2ccc3nc(-c4c(N)c5ccc(F)cc5[nH]c4=O)[nH]c3c2)CC1 AlphaDrug 6MJ4 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12005 Cc1cc(Nc2cc(N3CCN(C)CC3)[nH]n2)cc(C(=O)Nc2ccccc2)c1 AlphaDrug 6MJ4 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12006 CN1CCN(c2ccc(-c3cc4ncc(-c5cccc(-c6cccc(C(F)(F)F)c6)c5)n4cn3)cc2)CC1 AlphaDrug 6MJ4 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12007 COc1cc(C)cc2cc(-c3c(CN4CCCCC4)cn4ncnc(N)c34)sc12 AlphaDrug 6MJ4 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12008 Cc1nc(Nc2cccc(C(N)=O)c2)cc(-c2ccc(N3CCN(C)CC3)cc2)n1 AlphaDrug 6MJ4 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12009 Cc1nc2cc(C(=O)c3cnn(-c4ccc(N5CCN(C)CC5)cc4)c3N)ccc2[nH]1 AlphaDrug 6MJ4 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12010 COc1cc(C2CC2)ccc1NS(=O)(=O)c1cc(C)c(C2(c3ccc(F)cc3)CC2)cc1Cl AlphaDrug 5LLI ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12011 COc1cc(C2CCCCCC2)ccc1NS(=O)(=O)c1ccc(C2(c3ccc(F)cc3)CC2)cc1 AlphaDrug 5LLI ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12012 COc1cc(-c2nc(NC3CC3)c(C(F)(F)F)o2)ccc1NS(=O)(=O)c1cccc(C(F)(F)F)n1 AlphaDrug 5LLI ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12013 COc1cc(C2CCN(c3ncccn3)CC2)ccc1NS(=O)(=O)c1ccc(C2(c3cccc(F)c3)CC2)cc1 AlphaDrug 5LLI ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12014 COc1cc(C2(C(=O)O)CCCCC2)ccc1NS(=O)(=O)c1ccc(C2CCCCC2)c(F)c1 AlphaDrug 5LLI ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12015 COc1cc(C(=O)O)ccc1NS(=O)(=O)c1ccc(C2=CCCCC2)c(F)c1Cl AlphaDrug 5LLI ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

12001 to 12015 of 73725 items. Total 4915 pages.