DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
12076 COc1cccc(S(=O)(=O)Nc2ccc(-c3cccc(NC4CCN(CC5CC5)CC4)c3)cc2)c1 AlphaDrug 3NFB ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12077 COc1ccc(-c2cc(NC3CCN(CC(N)O)CC3)c3[nH]cc(CC(F)(F)F)c3n2)cc1OC AlphaDrug 3NFB ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12078 COc1ccc(-c2cc(NC3CCN(CC(N)O)CC3)c3[nH]cc(-c4ccc(O)cc4F)c3n2)cc1OC AlphaDrug 3NFB ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12079 COc1ccc(-c2cc(NC3CCN(CC(N)O)CC3)c3[nH]cc(CC(=O)NC4CCCC4)c3n2)cc1OC AlphaDrug 3NFB ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12080 COc1ccc(-c2cc(NC(N)=O)c3[nH]c(C(N)=O)cc3c2)cc1OC AlphaDrug 3NFB ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12081 COc1ccc(-c2cc(NC3CCN(CC(=O)O)C3)c3[nH]cc(CCCC(=O)O)c3n2)cc1OC AlphaDrug 3NFB ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12082 COc1ccc(-c2ccc3c(c2)CCN3CC2CCCCC2)cc1OC AlphaDrug 3NFB ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12083 COc1ccc(C2N=NC(NC3CCCCC3)c3[nH]c4ccccc4c3N2)cc1OC AlphaDrug 3NFB ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12084 COc1ccc(C2CC=CCC2NS(=O)(=O)c2cccc(C3(c4ccc5[nH]cc(C)c5c4)CCCC3)c2)cc1OC AlphaDrug 3NFB ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12085 COc1ccc(-c2cc(NC3CCN(CC(N)O)CC3)c3[nH]cc(C#CC4CC4)c3n2)cc1OC AlphaDrug 3NFB ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12086 COc1ccc(C2CCCCC2NS(=O)(=O)c2cccc(C3(c4c[nH]c5ccc(F)cc45)CCC3)c2)cc1OC AlphaDrug 3NFB ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12087 COc1ccc(-c2cc(NC3CCN(CC(N)O)CC3)c3[nH]cc(-c4ccc(OC)c(C(F)(F)F)c4)c3n2)cc1OC AlphaDrug 3NFB ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12088 COc1ccc(-c2cc(NC3CCN(CC(N)O)CC3)c3[nH]cc(C(C)(C)C)c3n2)cc1OC AlphaDrug 3NFB ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12089 COc1ccc(C2CCCCC2NS(=O)(=O)c2cccc(C3(c4ccc(F)cc4)CCC3)c2)cc1OC AlphaDrug 3NFB ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12090 COc1ccc(C2CCCCC2NS(=O)(=O)c2cccc(C3(N4CCN(C)CC4)CCCC3)c2)cc1OC AlphaDrug 3NFB ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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