DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
12676 CC(C)c1ccc(-c2cc(N3CCC(C(=O)O)CC3)nc(NS(=O)(=O)Cc3ccc(F)cc3)n2)cc1 AlphaDrug 6NV7 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12677 Cc1ccc(-c2cc(-c3ccc(C(C)C)cc3)nc(NS(=O)(=O)C3CCCC3)n2)o1 AlphaDrug 6NV7 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12678 CC(C)c1ccc(N2CCC(n3cnc4c(C(N)=O)cccc43)CC2)nc1 AlphaDrug 6NV7 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12679 CC(C)c1ccc(-c2cc(C(C)(C)C)nc(NS(=O)(=O)c3ccc(-c4ccccc4)cc3Cl)n2)cc1 AlphaDrug 6NV7 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12680 CC(C)c1ccc(-c2cc(N3CCC(C(=O)O)CC3)nc(NS(=O)(=O)C3CC3)n2)cc1 AlphaDrug 6NV7 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12681 CC(C)(C(=O)NCCc1ccc(F)cc1)c1ccc(Cl)c(Cl)c1 AlphaDrug 6NV7 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12682 CC(C)c1cc(N2CCC(C(=O)NCc3ccccc3)CC2)cc2ccccc12 AlphaDrug 6NV7 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12683 CC(C)c1ccc(-c2cc(C(C)(C)C)nc(NS(=O)(=O)c3ccc(F)cc3Cl)n2)cc1 AlphaDrug 6NV7 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12684 COc1cc(NC(=O)c2cccc(-c3ccccc3)c2)cc(-c2ccccc2)n1 AlphaDrug 4Y2Q ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12685 COc1cc(NC(=O)Nc2ccc(-c3ccnc4ccccc34)cc2)cc(-c2ccnc3ccccc23)c1 AlphaDrug 4Y2Q ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12686 COc1cc(-c2ccc3c(c2)C(=O)CCC3)ccc1-c1nnc2ccccc2c1C#N AlphaDrug 4Y2Q ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12687 CCN(CC)CCNC(=O)c1c(C)[nH]c2cc(Cl)ccc12 AlphaDrug 4Y2Q ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12688 CCC1CCC(=Cc2ccc(OCC(=O)Nc3cccc(-c4nc(-c5ccc(C(=O)O)cc5)cs4)c3)cc2)CC1 AlphaDrug 4Y2Q ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12689 COc1cc(NC(=O)Nc2ccc(-c3cc(-c4ccccn4)on3)cc2)cc(-c2ccccc2)c1 AlphaDrug 4Y2Q ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12690 COc1cc(NC(=O)Nc2ccc(-c3ccnc4ccccc34)cc2)cc(-c2ccnc3ccccc23)c1 AlphaDrug 4Y2Q ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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