DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
12721 CC(C)CN(C(=O)NC(Cc1cccc(-c2ccccc2)c1)C(=O)NO)c1ccc(C(C)O)cc1 AlphaDrug 5OOT ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12722 CC(O)c1ccc(NC(=O)C2CCCN2c2ccc(-c3ccc4[nH]n(-c5ccc6ncn(CC(C)(C)C)c6c5)c4c3)cc2)cc1 AlphaDrug 5OOT ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12723 CC(OC(=O)CN1CCCC1)c1ccc2c(c1)[nH]c(=O)n2-c1ccc(-c2ccccc2)cc1 AlphaDrug 5OOT ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12724 Cc1cc(C)c2cc(-c3cc(C4(C(F)(F)F)CCN(CCC(=O)O)CC4)cc4ccccc34)nn2n1 AlphaDrug 14GS ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12725 Cc1cc(C)c2cc(-c3cc(C(=O)NC4(C(=O)O)CCN(C(N)=O)CC4)cc(C(F)(F)F)c3)nn2n1 AlphaDrug 14GS ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12726 Cc1cc(OC2CCN(C(=O)C3CCCCC3)CC2)c2ccc(-c3ccc(C(F)(F)F)c(C(=O)O)c3)cc2n1 AlphaDrug 14GS ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12727 Cc1cc(OC2CCN(C(=O)C3CCCCC3)CC2)c2ccc(-c3cc(CCC(=O)O)cc(C(F)(F)F)c3)cc2n1 AlphaDrug 14GS ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12728 Cc1cc(C)c2cc(-c3cc(C(=O)N4C=CC(c5ccccc5)CC4)cc(C(F)(F)F)c3)nn2n1 AlphaDrug 14GS ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12729 Cc1cc(C)c2cc(-c3ccc(CCc4cccc(C(=O)O)c4)c4[nH]ccc34)nn2n1 AlphaDrug 14GS ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12730 Cc1cc(C)c2cc(-c3cc(C4CCN(c5ccccc5)CC4)cc(C(F)(F)F)c3)nn2n1 AlphaDrug 14GS ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12731 Cc1cc(OC2CCN(C(=O)C3CCCCC3)CC2)c2ccc(-c3cc(OCC(F)(F)F)cc(C(F)(F)F)c3)cc2n1 AlphaDrug 14GS ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12732 Cc1cc(C)c2cc(-c3cc(C(=O)NC4CCCCC4C)cc(C(F)(F)F)c3)nn2n1 AlphaDrug 14GS ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12733 Cc1cc(C)c2cc(-c3cc(C(=O)O)cc(-c4ccc(CCCC(=O)O)c(C(F)(F)F)c4)c3)nn2n1 AlphaDrug 14GS ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12734 Cc1cc(C)c2cc(-c3cc(C4CCN(C(=O)N5CCCC5)C4)cc(C(F)(F)F)c3)nn2n1 AlphaDrug 14GS ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12735 Cc1cc(C)c2cc(-c3cc(C(=O)NC4CCCCC4O)cc4ccccc34)nn2n1 AlphaDrug 14GS ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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