Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
12781	Cc1cc(OC2C=CN(C(=O)C3CCCCC3)CC2)c2ccc(-c3cccc(F)c3)cc2n1	AlphaDrug	14GS	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
12782	Cc1cc(C)c2cc(-c3cc(C(=O)NC4CCC(N)C(C(=O)O)C4)cc(C(F)(F)F)c3)nn2n1	AlphaDrug	14GS	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
12783	Cc1cc(C)c2cc(-c3cc(C4CCN(C(=O)N5CCOCC5)CC4)cc(C(F)(F)F)c3)nn2n1	AlphaDrug	14GS	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
12784	Cc1cc(C)c2cc(-c3ccc(Cc4ccccc4)cc3F)nn2n1	AlphaDrug	14GS	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
12785	Cc1cc(OC2CCN(C(=O)C3CCCCC3)CC2)c2ccc(-c3cc(C(F)(F)F)cc(C(F)(F)F)c3)cc2n1	AlphaDrug	14GS	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
12786	Cc1cc(C)c2cc(-c3cc(C(=O)NC4CCCCCCC4)cc(C(F)(F)F)c3)cn2n1	AlphaDrug	14GS	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
12787	Cc1cc(C)c2cc(-c3cc(OCC4CCC(N)CC4)cc(C(=O)N4CCCCC4)c3)nn2n1	AlphaDrug	14GS	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
12788	Cc1cc(C)c2cc(-c3ccc(CC(=O)N4CCC(N)C5(CC5)C4)cc3)nn2n1	AlphaDrug	14GS	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
12789	Cc1cc(C)c2cc(-c3cc(C(=O)O)cc(C4CCN(C(=O)N5CCCCC5)CC4)c3)nn2n1	AlphaDrug	14GS	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
12790	Cc1cc(C)c2cc(-c3cc(-c4ccc(Cl)c(C)c4)cc4ccccc34)nn2n1	AlphaDrug	14GS	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
12791	Cc1cc(OC2CCN(C(=O)C3CCCCC3)CC2)c2ccc(-c3cccc(Cl)c3)cc2n1	AlphaDrug	14GS	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
12792	Cc1cc(OC2CCN(C(=O)C3C=CCCC3)CC2)c2ccc(-c3ccc(C(=O)O)cc3)cc2n1	AlphaDrug	14GS	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
12793	Cc1cc(C)c2cc(-c3cc(C(=O)NC4/C=C\CCCCCC4)cc(C(F)(F)F)c3)nn2n1	AlphaDrug	14GS	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
12794	Cc1cc(C)c2cc(-c3cc(C(=O)O)cc(-c4ccc(Cl)c(C)c4)c3)nn2n1	AlphaDrug	14GS	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
12795	Cc1cc(C)c2cc(-c3cc(C4CCN(C(N)=O)CC4)cc(C(F)(F)F)c3)nn2n1	AlphaDrug	14GS	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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