DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
12751 Cc1cc(C)c2cc(-c3cc(C4C=CN(C(=O)N5CCCC5)CC4)cc(C(F)(F)F)c3)nn2n1 AlphaDrug 14GS ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12752 Cc1cc(C)c2cc(-c3cc(-c4ccc(C(=O)O)cc4)cc4ccccc34)nn2n1 AlphaDrug 14GS ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12753 Cc1cc(C)c2cc(-c3cc(C(=O)N4CCCCC4)cc4ccccc34)nn2n1 AlphaDrug 14GS ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12754 Cc1cc(C)c2cc(-c3cc(-c4ccc(CCC(=O)O)c(C(=O)O)c4)cc4ccccc34)nn2n1 AlphaDrug 14GS ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12755 Cc1cc(C)c2cc(-c3cc(C(=O)NC4CCCC(C)(C)C4)cc(C(F)(F)F)c3)nn2n1 AlphaDrug 14GS ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12756 Cc1cc(C)c2cc(-c3cc(C(=O)NC4CCCC(C(=O)O)C4)cc(C(F)(F)F)c3)nn2n1 AlphaDrug 14GS ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12757 Cc1cc(C)c2cc(-c3cc(C(=O)O)cc(C4CCN(C(=O)NC5CCCCC5)C4)c3)nn2n1 AlphaDrug 14GS ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12758 Cc1cc(C)c2cc(-c3cc(C4CCCN(C(=O)N5CCCC5)CC4)cc(C(F)(F)F)c3)nn2n1 AlphaDrug 14GS ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12759 Cc1cc(C)c2cc(-c3cc(C4CCN(C(=O)NC(=O)C5CC5)CC4)cc(C(F)(F)F)c3)nn2n1 AlphaDrug 14GS ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12760 Cc1cc(C)c2cc(-c3cc(C4CCN(C(=O)N5CCCCC5)CC4)cc(C(F)(F)F)c3)nn2n1 AlphaDrug 14GS ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12761 Cc1cc(C)c2cc(-c3cc(C4CCN(C(=O)NC5CCCCC5)CC4)cc(C(F)(F)F)c3)nn2n1 AlphaDrug 14GS ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12762 Cc1cc(C)c2cc(-c3ccc(C4(C(=O)NC5CCCCCC5)CC4)cc3)nn2n1 AlphaDrug 14GS ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12763 Cc1cc(C)c2cc(-c3cc(-c4ccc(Cl)c(Cl)c4)cc(C(C)(C)N)c3)nn2n1 AlphaDrug 14GS ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12764 Cc1cc(OC2CCN(C(=O)C3CCCCC3)CC2)c2ccc(-c3ccc(C(F)(F)F)cc3)cc2n1 AlphaDrug 14GS ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12765 Cc1cc(OC2CCN(C(=O)C3CCCCC3)CC2)c2ccc(-c3ccc(Cl)c(Cl)c3)cc2n1 AlphaDrug 14GS ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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