DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
12796 Cc1cc(C)c2cc(-c3ccc4ccc(C5CCN(CCCC(=O)O)CC5)cc4c3)nn2n1 AlphaDrug 14GS ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12797 Cc1cc(C)c2cc(-c3cc(C4CCCNCC4)cc4ccccc34)nn2n1 AlphaDrug 14GS ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12798 COc1ccc(C)c(C(=O)N2CCC(c3ccc(C(=O)N4CCCC4C(=O)NC4CCC(O)C4)cc3Cl)CC2)c1 AlphaDrug 14GS ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12799 Cc1cc(OC2CCN(C(=O)C3CCCCC3)CC2)c2ccc(-c3ccc(C4CCNCC4)cc3)cc2n1 AlphaDrug 14GS ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12800 Cc1cc(-c2ccc(OCc3ccccc3)cc2)nc(-c2ccc(C3=CCCC3)cc2)c1 AlphaDrug 14GS ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12801 Cc1cc(C)c2cc(-c3cc(C(=O)NC4CCCCC4C(=O)NC4CCC(O)C4)cc(C(F)(F)F)c3)nn2n1 AlphaDrug 14GS ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12802 Cc1cc(C)c2cc(-c3cc(C4CCN(C(=O)Nc5cccc(C(F)(F)F)c5)C4)cc(C(F)(F)F)c3)nn2n1 AlphaDrug 14GS ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12803 Cc1cc(C)c2cc(-c3cc(C4CCN(C(=O)N5CCN(C)CC5)CC4)cc(C(F)(F)F)c3)nn2n1 AlphaDrug 14GS ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12804 Cc1cc(C)c2cc(-c3cc(C4C=CN(C(=O)N5CCOCC5)CC4)cc(C(F)(F)F)c3)nn2n1 AlphaDrug 14GS ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12805 Cc1cc(C)c2cc(-c3cc(C(=O)NC4CCCNCC4)cc(C(F)(F)F)c3)nn2n1 AlphaDrug 14GS ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12806 Cc1cc(C)c2cc(-c3cc(C4CCN(C(=O)NC(C)(C)C)CC4)cc(C(F)(F)F)c3)nn2n1 AlphaDrug 14GS ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12807 Cc1cc(C)c2cc(-c3cc(C4CCN(CCS(=O)(=O)c5ccccc5)C4)cc(C(F)(F)F)c3)nn2n1 AlphaDrug 14GS ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12808 Cc1cc(C)c2cc(-c3cc(S(=O)(=O)c4ccc(C5CC5)cc4)cc4ccccc34)nn2n1 AlphaDrug 14GS ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12809 Cc1cc(C)c2cc(-c3cc(OCc4cccc(C(=O)O)c4)cc(C(F)(F)F)c3)nn2n1 AlphaDrug 14GS ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12810 Cc1cc(C)c2cc(-c3ccc4ccccc4c3)nn2n1 AlphaDrug 14GS ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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