DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
12736 Cc1cc(C)c2cc(-c3cc(C4CCN(C(=O)Nc5cccc(C(F)(F)F)c5)CC4)cc(C(F)(F)F)c3)nn2n1 AlphaDrug 14GS ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12737 Cc1cc(C)c2cc(-c3cc(C(=O)NC4CCC(N)C4O)cc(C(F)(F)F)c3)nn2n1 AlphaDrug 14GS ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12738 Cc1cc(C)c2cc(-c3cc(C(=O)NC4CCC(N)C(O)C4)cc(C(F)(F)F)c3)nn2n1 AlphaDrug 14GS ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12739 Cc1cc(C)c2cc(-c3cc(-c4ccc(CC(=O)O)c(C(=O)O)c4)cc4ccccc34)nn2n1 AlphaDrug 14GS ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12740 Cc1cc(C)c2cc(-c3cc(C4CCCCC4)cc(C(F)(F)F)c3)nn2n1 AlphaDrug 14GS ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12741 Cc1cc(OC2CCN(C(=O)C3CCCCC3)CC2)c2ccc(-c3ccc(C4CC4)cc3)cc2n1 AlphaDrug 14GS ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12742 Cc1cc(C)c2cc(-c3cc(C4CCN(C(=O)C5CC5)CC4)cc(C(F)(F)F)c3)nn2n1 AlphaDrug 14GS ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12743 Cc1cc(C)c2cc(-c3cc(C(=O)NC4CCN(C(=O)C5CC5)C4)cc(C(F)(F)F)c3)nn2n1 AlphaDrug 14GS ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12744 Cc1cc(C)c2cc(-c3ccc(-c4ccc(C)c(N)c4)c(C)c3)nn2n1 AlphaDrug 14GS ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12745 Cc1cc(C)c2cc(-c3cc(-c4ccc(Cl)c(Cl)c4)cc(C(N)(F)F)c3)nn2n1 AlphaDrug 14GS ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12746 Cc1cc(C)c2cc(-c3cc(C4CCN(C5CCCC5)CC4)cc(C(F)(F)F)c3)nn2n1 AlphaDrug 14GS ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12747 Cc1cc(C)c2cc(-c3cc(C(=O)NC4CCCCC4O)cc(C(F)(F)F)c3)nn2n1 AlphaDrug 14GS ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12748 Cc1cc(C)c2cc(-c3cc(C(=O)NC4CCN(C5CC5)CCC(F)(F)C(F)(F)C(F)(F)C4)cc(C(F)(F)F)c3)nn2n1 AlphaDrug 14GS ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12749 Cc1cc(C)c2cc(-c3cc(-c4ccc(CCCC(=O)N5CCCC5)c(F)c4)cc(C(N)(F)F)c3)nn2n1 AlphaDrug 14GS ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12750 Cc1cc(C)c2cc(-c3cc(C(=O)N4CCCCC4C(=O)NC4CCC(O)C4)cc(C(F)(F)F)c3)nn2n1 AlphaDrug 14GS ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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