Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
12691	COc1cc(NC(=O)Nc2ccc(-c3cnc4ccccc4c3)cc2)c(C(F)(F)F)cc1OCC(F)(F)F	AlphaDrug	4Y2Q	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
12692	COc1cc(NC(=O)Nc2ccc(-c3cc(-c4cccc(C(F)(F)F)c4)n[nH]3)cc2)ccc1C	AlphaDrug	4Y2Q	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
12693	COc1cc(NC(=O)Nc2ccc(-c3ccnc4ccccc34)cc2)cc(-c2cnnn2CC2C=CC=CC2)c1	AlphaDrug	4Y2Q	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
12694	Cn1cc(-c2nc(N)c3nc(N)nc(/N=C/C4CC4)c3n2)cn1	AlphaDrug	6BM6	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
12695	Cn1cc(-c2cc(C(=O)NCC3CC3)cc(-c3ccc(NCc4cccc(C(F)(F)F)c4)cc3)c2)cn1	AlphaDrug	6BM6	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
12696	Cc1c(CNC(=O)c2cc(C(=O)NCC(F)(F)F)cc(-c3cnn(C)c3)c2)n[nH]c1C(F)(F)F	AlphaDrug	6BM6	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
12697	Cn1cc(-c2cc(C(=O)NO)cc(-c3cc(-c4cc(F)ccc4OC(F)(F)F)ccc3O)c2)cn1	AlphaDrug	6BM6	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
12698	Cn1cc(-c2cc(C(N)=O)cc3c2n(C(=O)Nc2ccc(O)c(C(F)(F)F)c2)c(=O)n3C)cn1	AlphaDrug	6BM6	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
12699	Cn1c2ccc(CNC(=O)c3ccc(-c4cccc(C(=O)NC5CCCNC5)c4)cc3)cc2c2[nH]c(=O)[nH]c21	AlphaDrug	6BM6	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
12700	Cn1cc(-c2cc(C(=O)NOC3CCN(CCO)CC3)cc(C(=O)NC3CCCCC3)c2)cn1	AlphaDrug	6BM6	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
12701	Cn1cc(-c2ccc(C(=O)Nc3cc(-c4cccc(NCc5cccc(C(=O)O)c5)c4)ccn3)cc2)cn1	AlphaDrug	6BM6	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
12702	Cn1cc(-c2cc(-c3cc(NCc4ccc(C(F)(F)F)cc4)ccn3)cc(N)c2C(=O)O)cn1	AlphaDrug	6BM6	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
12703	Cn1cc(-c2cc(C(=O)O)cc(-c3cc(OC4CC4)ccc3C(=O)NCCN3CCN(c4ccc(C(=O)NCC(F)(F)F)cc4)CC3)c2)cn1	AlphaDrug	6BM6	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
12704	CC(C)Cc1ccc(C(C)c2ccc(OC(C)(C)C(=O)O)c(C(F)(F)F)c2)cc1	AlphaDrug	5NLK	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
12705	CC(C)Cc1ccc(-n2c(-c3ccc(F)cc3)cc3cc(C(N)=O)ccc32)cc1	AlphaDrug	5NLK	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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