Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
12646	Cc1c(C(C)C)nnn1-c1ccc(CN(C)CCc2ccccc2)cc1	AlphaDrug	5IX0	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
12647	Cc1c(C(C)C)nnn1-c1ccc(CNC(=O)C2CCN(c3ccc(C(F)(F)F)cc3)CC2)cc1	AlphaDrug	5IX0	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
12648	Cc1c(C(C)C)nnn1-c1ccc(CNC(=O)C2CC2)cc1	AlphaDrug	5IX0	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
12649	Cc1c(C(C)C)nnn1-c1ccc(NC(=O)c2cccc(C(F)(F)F)c2)cc1	AlphaDrug	5IX0	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
12650	Cc1c(C(C)C)nnn1-c1ccc(CNC(=O)c2ccnc(NCc3ccccc3)n2)cc1	AlphaDrug	5IX0	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
12651	Cc1c(C(C)C)nnn1-c1ccc(CNC(=O)C(Cc2ccc(O)cc2)NC(=O)C2CCCN2)cc1	AlphaDrug	5IX0	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
12652	Cc1c(C(C)C)nnn1-c1ccc(CNC(=O)c2ccc(N3CCOCC3)cc2)cc1	AlphaDrug	5IX0	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
12653	Cc1c(C(C)C)nnn1-c1ccc(CNC(=O)/C=C/c2cccnc2)cc1	AlphaDrug	5IX0	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
12654	Cc1c(C(C)C)nnn1-c1ccc(CNC(=O)Cc2ccc(C(F)(F)F)cc2)cc1	AlphaDrug	5IX0	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
12655	CC1CC(C)(C)NC(=O)c2ccc(C(=O)N3CCC(N(C)C)CC3)cc21	AlphaDrug	6JON	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
12656	Cc1c(C)c(C)c2ccccc2c(=O)c1C(=O)c1ccc(O)c(O)c1	AlphaDrug	6JON	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
12657	CC1=C(C)C(=O)c2c(cccc2C(NS(=O)(=O)c2ccc(C(F)(F)F)cc2)C(=O)c2ccccc2)C1=O	AlphaDrug	6JON	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
12658	CC1=C(C)c2cc(C(=O)O)cc(C(=O)c3cccc(Cl)c3)c2C1=O	AlphaDrug	6JON	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
12659	CC1=C(C)C(=O)C2(CCCC(=O)c3cccc(C(=O)O)c32)CC(C)(C)C1=O	AlphaDrug	6JON	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
12660	CC1=C(C)c2ccc(O)c(Cn3cnc(C(=O)c4ccc(C)cc4)cc3=O)c2C1=O	AlphaDrug	6JON	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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