Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
12916	COc1ccc(S(=O)(=O)Nc2cccc(-c3cccc(CCOc4ncccc4C(=O)NCCCOCCONc4ccccc4)c3)c2)cc1	AlphaDrug	3R58	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
12917	COc1ccc(S(=O)(=O)Nc2ccc(/N=N\C(=O)N3CCCCC3)cc2)cc1	AlphaDrug	3R58	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
12918	COc1ccc(S(=O)(=O)Nc2ccc(-c3cccc4ccccc34)cc2)cc1	AlphaDrug	3R58	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
12919	COc1ccc(S(=O)(=O)Nc2cccc(-c3ccc(N4CCCCC4)cc3)c2)cc1	AlphaDrug	3R58	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
12920	COc1ccc(S(=O)(=O)N(Cc2cccnc2)C(CC(=O)O)NS(=O)(=O)c2ccccc2)cc1	AlphaDrug	3R58	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
12921	COc1ccc(S(=O)(=O)Nc2cccc(N3CCCC3=O)c2)cc1	AlphaDrug	3R58	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
12922	COc1ccc(S(=O)(=O)Nc2cccc(-c3ccc(N4CCC(N)C4)cc3)c2)cc1	AlphaDrug	3R58	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
12923	COc1ccc(S(=O)(=O)Nc2cccc(-c3cccc(Nc4ncnn4C(C)C)c3)c2)cc1	AlphaDrug	3R58	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
12924	COc1ccc(S(=O)(=O)Nc2ccc(N3CCCC3=O)cc2)cc1	AlphaDrug	3R58	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
12925	COc1ccc(S(=O)(=O)Nc2cccc(-c3cccc(S(N)(=O)=O)c3)c2)cc1	AlphaDrug	3R58	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
12926	COc1ccc(S(=O)(=O)Nc2ccc(N3CCC(C(=O)O)CC3=O)cc2)cc1	AlphaDrug	3R58	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
12927	COc1ccc(S(=O)(=O)Nc2ccc(Cl)c(-c3cccc(CN4CCCCC4)c3)c2)cc1	AlphaDrug	3R58	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
12928	COc1ccc(S(=O)(=O)Nc2cccc(-c3cccc(COc4cccc(N(C)C)c4)c3)c2)cc1	AlphaDrug	3R58	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
12929	COc1ccc(S(=O)(=O)Nc2cccc(-c3cccc(CCOc4cccc(S(N)(=O)=O)c4)c3)c2)cc1	AlphaDrug	3R58	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
12930	COc1ccc(S(=O)(=O)N(CC2CCCCC2)C(=O)Nc2ccc(Cl)cc2)cc1	AlphaDrug	3R58	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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