DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
12976 COc1ccc(-c2ccc3ccccc3c2)cc1C(N)C1CCN(CC(=O)O)CC1 AlphaDrug 4Q8B ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12977 CC(C)Oc1ccc([SH](CC2CCN(CC(=O)O)CC2)c2ccc(-c3cccc4ccccc34)cc2)cc1 AlphaDrug 4Q8B ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12978 CC(C)Oc1ccc([SH](CC2CCN(CC(=O)O)CC2)c2ccc(-c3cnc4[nH]ncc4c3)cc2)cc1 AlphaDrug 4Q8B ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12979 CC(C)Oc1ccc([SH](CC2CCN(CC(=O)O)CC2)c2ccc(C(=O)O)cc2)cc1 AlphaDrug 4Q8B ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12980 CC(C)(C)OC(=O)NC(Cc1ccccc1)C(=O)Nc1cccc(C(=O)O)c1 AlphaDrug 4Q8B ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12981 CC(C)(C)OC(=O)NC(Cc1ccccc1)C(=O)Nc1ccc2c(c1)C(O)CCCCC(O)CCCO2 AlphaDrug 4Q8B ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12982 COc1ccc(-c2ccc(C3CCCC3)cc2)cc1C(N)C1CCN(CC(=O)O)CC1 AlphaDrug 4Q8B ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12983 COc1ccc(-c2ccc(C(=O)O)cc2)cc1C(N)C1CCN(C2CCCCC2)CC1 AlphaDrug 4Q8B ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12984 COc1ccc(-c2ccc(C3CCN(C(C)C)CC3)cc2)cc1Cc1c(C)noc1C(N)C(=O)O AlphaDrug 4Q8B ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12985 CC(C)(C)OC(=O)NC(Cc1ccccc1)C(=O)Nc1ccc2c(c1)C(O)CCCCCC(O)CCCCO2 AlphaDrug 4Q8B ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12986 CC(=O)Nc1ccc(CN2CCC(NC(=O)c3ccc(Cl)c(-c4ccncc4)c3)CC2)cc1C AlphaDrug 5IOZ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12987 CC(=O)Nc1ccc(CN2CCC(NC(=O)c3ccc(-c4cccc(Cl)c4)cc3)CC2)cc1 AlphaDrug 5IOZ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12988 CC(=O)Nc1ccc(C2CCCN(C(=O)C3CCCN3C(=O)C3COC4(CC4)C(=O)N3)CC2)s1 AlphaDrug 5IOZ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12989 CC(=O)Nc1ccc(CN2CCC(NC(=O)c3ccc(-c4cccc(CO)c4)cc3)CC2)cc1 AlphaDrug 5IOZ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
12990 CC(=O)Nc1ccc(CN2CCC(/N=C/c3ccc4ccccc4c3)CC2)cc1 AlphaDrug 5IOZ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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