Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
13081	Cc1ccc(S(=O)(=O)NCCCCC(=O)NC2=NC(NS(=O)(=O)c3ccc(-c4cccc5ccccc45)cc3)C2c2ccc(Cl)cc2)cc1	AlphaDrug	5MRO	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
13082	Cc1ccc(S(=O)(=O)NCc2ccc(-c3cccc(NC(=O)NCCCCc4ccccc4)c3)cc2)cc1	AlphaDrug	5MRO	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
13083	Cc1ccc(S(=O)(=O)Nc2ccc(-c3cccc(NC(=O)NC(Cc4ccc(-c5ccccc5)cc4)C(=O)O)c3)cc2)c(C)c1	AlphaDrug	5MRO	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
13084	Cc1ccc(S(=O)(=O)NCc2ccc(-c3cccc(NS(=O)(=O)c4ccc(N5CCN(C(C)C)CC5)cc4)c3)cc2)cc1	AlphaDrug	5MRO	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
13085	COc1cccc(C(=O)N2C3CCC2CC(NC(=O)c2cc(-c4ccc(C(F)(F)F)cc4)ccc2C)C3)c1	AlphaDrug	5E2O	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
13086	COc1cccc(C(C)(Nc2ccc(-c3ccc(-c4ccccc4)cc3)o2)c2ccc3cc(C(N)=O)ccc3c2)c1	AlphaDrug	5E2O	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
13087	COc1ccc(OC)c(CNC(=O)c2cc3c(Cl)cc(-c4ccc(-c5nnn[nH]5)cc4)cc3[nH]2)c1	AlphaDrug	5E2O	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
13088	COc1ccc(OC)c(-c2cc(NC3CC3)nc(-c3ccc(C(C)(C)C)cc3)c2)c1	AlphaDrug	5E2O	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
13089	COc1ccc(OC)c(CNC(=O)c2cc3c(Cl)cc(-c4ccc(O)cc4)cc3[nH]2)c1	AlphaDrug	5E2O	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
13090	COc1ccc(OC)c(CNC(=O)c2cc3c(Cl)cc(-c4ccc(-n5cncn5)cc4)cc3[nH]2)c1	AlphaDrug	5E2O	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
13091	COc1ccc(OC)c(CNC(=O)c2cc3c(Cl)cc(-c4ccc(-c5ccccc5)cc4)cc3[nH]2)c1	AlphaDrug	5E2O	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
13092	COc1ccc(OC)c(CNC(=O)c2cc3c(Cl)cc(-c4ccc(-c5ccc(C(=O)NCC(=O)O)cc5)cc4)cc3[nH]2)c1	AlphaDrug	5E2O	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
13093	COc1ccc(OC)c(CNC(=O)c2cc3c(Cl)cc(O)cc3[nH]2)c1	AlphaDrug	5E2O	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
13094	COc1ccc(OC)c(CNC(=O)c2cc3cc(-c4ccc(C)cc4)ccc3o2)c1	AlphaDrug	5E2O	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
13095	Cc1cc(C(=O)NO)c2cc(C(F)(F)F)ccc2c1-c1ccc(OCC(=O)O)c2ccccc12	AlphaDrug	6K04	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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