Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
13171	CCc1ccc(Oc2ccccc2-c2ccc(-c3ccccc3)cc2)cc1-c1ccc(C(=O)O)cc1	AlphaDrug	4NUC	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
13172	CCc1ccc(OCc2ccccc2-c2ccccc2)c2cc(C(=O)NCC(F)(F)F)ccc12	AlphaDrug	4NUC	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
13173	CCc1ccc(Oc2ccccc2-c2ccc(-c3ccccc3)cc2)cc1	AlphaDrug	4NUC	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
13174	CCc1c(Cl)cccc1Oc1ccc(-c2ccc(-c3ccc(/C(O)=N\CC4CCN4)cc3)cc2)cc1	AlphaDrug	4NUC	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
13175	CC(C)Cc1cc(-c2ccc3cc(-c4cccc(NC(=O)c5ccccc5)c4)ccc3c2)c(-c2ccc(Cl)cc2)[nH]1	AlphaDrug	5MGE	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
13176	CC(C)Cc1cc(-c2ccc3cc(C(=O)O)ccc3c2)c(-c2ccc(Cl)cc2)[nH]1	AlphaDrug	5MGE	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
13177	Cc1ccc(-c2[nH]c(CC(C)C)cc2C(=O)O)cc1NC(=O)c1ccc(C(F)(F)F)cc1C(F)(F)F	AlphaDrug	5MGE	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
13178	CC(C)Cc1cc(-c2ccc(C(=O)O)cc2)c(-c2ccc(Cl)cc2C(=O)O)[nH]1	AlphaDrug	5MGE	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
13179	Cc1nc(NC(=O)c2ccccc2)nc2ccc(-c3cc(CC(C)C)[nH]c3-c3ccc(OC(F)(F)F)c(F)c3)cc12	AlphaDrug	5MGE	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
13180	CC(C)Cc1cc(-c2ccc3nc(N)nc(N)c3c2)c(-c2ccc(OC(F)(F)F)c(OC3CC3)c2)[nH]1	AlphaDrug	5MGE	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
13181	CC(C)COc1cc(-c2cc(C(=O)Nc3cccc(NC(=O)c4ccccc4)c3F)cc(C(F)(F)F)c2)no1	AlphaDrug	5MGE	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
13182	Cc1cccc(C(=O)NCc2cc(C(=O)O)ccc2-c2cc(CC(C)C)[nH]c2-c2ccc(Cl)cc2)c1C	AlphaDrug	5MGE	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
13183	CC(C)Cc1cc(-c2ccc3c(C(=O)O)ccc(CN4CCCC4)c3c2)c(-c2ccc(Cl)cc2)[nH]1	AlphaDrug	5MGE	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
13184	CC(C)CNc1cc(-c2cnc3c(N)nc(NC(C)c4ccc(C(F)(F)F)cc4)nc3c2C(F)F)cc(C(C)(C)C)c1	AlphaDrug	5MGE	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
13185	CC1(C)CCN(c2ccccc2CN2CCN(C(=O)C3C=CN(c4ccc(OCCCCO)cc4)CC3)CC2)C1	AlphaDrug	4MN3	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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