Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
13246	Cc1cc(NC(=O)c2ccc(O)cc2)cc(C(=O)Nc2cccc(Cl)c2)c1	AlphaDrug	4W9D	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
13247	CC1(O)CC2OC1(C)n1c3ccccc3c3c4c(c5c6ccccc6n2c5c31)C=NC4=O	AlphaDrug	4W9D	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
13248	CC12OC(CC1(O)CO)n1c3ccccc3c3c4c(c5c6ccccc6n2c5c31)C(=O)N=C4	AlphaDrug	4W9D	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
13249	CN1C2(C)CC(n3cc(Nc4ccc(F)cc4F)nc3-c3ccc(F)cc3)OC2(C)S1(=O)=O	AlphaDrug	4W9D	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
13250	CC(=O)Nc1ccc(SC2CCN(c3ccc(-c4cccc(C(=O)NC5CC5)c4)cc3)CC2)cc1	AlphaDrug	4W9D	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
13251	CC1(C)CCC(c2cc(C3(C(=O)NC(Cc4ccc(N5CCCC5)cc4)c4ccc(Cl)cc4)CCCCC3)ccc2O)C1	AlphaDrug	4XK9	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
13252	CC1(C)CCC(c2cc(C3(C(=O)NC(Cc4ccc(C(=O)O)cc4)c4nc5ccccc5c(=O)[nH]4)CCCCC3)ccc2O)C1	AlphaDrug	4XK9	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
13253	CC1(C)CCC(OC(=O)c2ccc(C3(C(=O)NC(Cc4ccc(C(=O)O)cc4)C(=O)O)CCCCC3)cc2)C1	AlphaDrug	4XK9	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
13254	CC(=O)NC1CCN(c2ccc(CC(NC(=O)C3(c4ccc(O)c(C5CCC(C)(C)C5)c4)C=CCCC3)C(=O)O)cc2)CC1	AlphaDrug	4XK9	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
13255	CC1(C)CCC(c2cc(C3(C(=O)NC(C(=O)O)c4ccc(Cl)cc4)CC3)ccc2O)C1	AlphaDrug	4XK9	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
13256	CC1(C)CCC(NC(=O)c2ccc(NS(=O)(=O)c3ccc(C#N)cc3)cc2)CC1	AlphaDrug	4XK9	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
13257	CC1(C)CCC(c2cc(C3(C(=O)NC(Cc4ccc(C(=O)O)cc4)c4nc5ccccc5n4Cc4ccc(C(=O)O)cc4)CCCCC3)ccc2O)C1	AlphaDrug	4XK9	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
13258	CC1(C)CCC(c2cc(C3(c4ccc(Cl)cc4)CC(C)(C)OC(=O)N3)ccc2O)C1	AlphaDrug	4XK9	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
13259	CC1(C)CCC(c2cc(C3(C(=O)NC(Cc4ccc(N5CCOCC5)cc4)C(=O)O)CCCCC3)ccc2O)C1	AlphaDrug	4XK9	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
13260	CC1(C)CCC(c2cc(C3(NC(=O)c4cc(-c5ccc(Cl)cc5)ccc4O)CCCCC3)ccc2O)C1	AlphaDrug	4XK9	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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