DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
13651 COc1ccc(S(=O)(=O)NC(CC2CCCCN2)C2CCCCC2)cc1 AlphaDrug 1L3L ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13652 COc1nc(-c2ccc(S(=O)(=O)N3CCC(N4CCC(C(=O)O)CC4)CC3)cc2)cc(OCC(C)(C)C)c1F AlphaDrug 1L3L ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13653 COc1ccc(S(=O)(=O)NC(CCC2CCCCC2)CC2CCCCC2)cc1 AlphaDrug 1L3L ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13654 COc1ccc(S(=O)(=O)NC(CCc2ccc(F)c(O)c2)CC2CCCCC2)cc1 AlphaDrug 1L3L ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13655 COc1ccc(-n2nc(C3CCCCC3)nc(NC3CCCCC3)c2=O)cc1 AlphaDrug 1L3L ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13656 COc1ccc(S(=O)(=O)NC(CCc2ccc(OC)c(OC)c2)CC2CCCCC2)cc1 AlphaDrug 1L3L ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13657 COc1ccc(S(=O)(=O)NC(CCc2c[nH]c3ccc(F)cc23)CC2CCCCC2)cc1 AlphaDrug 1L3L ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13658 COc1ccccc1C(NCC(O)CN1CCC(Oc2ccccc2)CC1)c1ccc(C2CC2)cc1 AlphaDrug 1L3L ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13659 COc1ccc(S(=O)(=O)NC(Cc2ccc(F)cc2)CC2CCCCC2)cc1 AlphaDrug 1L3L ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13660 COc1ccc(S(=O)(=O)NC(CCc2c[nH]c3ccc(N4CCCCC4)cc23)CC2CCCCC2)cc1 AlphaDrug 1L3L ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13661 COc1ccc(S(=O)(=O)NC(CCc2ccc(OC)c(OC)c2)CC2CCCCCC2)cc1 AlphaDrug 1L3L ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13662 COc1ccc(-c2cc(CCCC(=O)N3CCC(C(O)NC4CCCCC4)CC3)cc(OC)c2)cc1 AlphaDrug 1L3L ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13663 COc1ccc([SH](N)(=O)CC(CNC(=O)C(C)(C)C)NC(=O)CC(N)C(=O)O)cc1 AlphaDrug 1L3L ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13664 COc1ccccc1C(NC(=O)CCCC(=O)NC1CC(C)N(C)C1)c1ccc(C2CC2)cc1 AlphaDrug 1L3L ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13665 COc1ccc([SH](=O)(NC2CCCN(CC(=O)O)C2)C2CCCCC2)cc1 AlphaDrug 1L3L ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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