DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
13696 COc1ccc(S(=O)(=O)NC(Cc2ccc(OC)c(OC)c2)CC2CCCCC2)cc1 AlphaDrug 1L3L ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13697 COc1ccc(S(=O)(=O)NC(CC2CCCCC2)OCC(C)(C)NS(=O)(=O)c2ccccc2)cc1 AlphaDrug 1L3L ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13698 COc1ccc(S(=O)(=O)NC(CCC2CCCCC2)C(=O)NC2CCC(N3CCC(C(=O)O)CC3)CC2)cc1 AlphaDrug 1L3L ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13699 COc1ccc([SH](N)(=O)CC(CC2CCCCC2)NC(=O)C(C)(C)N(C)C)cc1 AlphaDrug 1L3L ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13700 COc1ccc(S(=O)(=O)NC(CCc2ccccc2)CC2CCCCCC2)cc1 AlphaDrug 1L3L ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13701 CC(C)(C)CC(NS(=O)(=O)c1ccc(-c2ccccc2)cc1)C1CCCCC1 AlphaDrug 1L3L ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13702 COc1ccc(S(=O)(=O)CC(CCC2CCCCC2)CN2CCC(N(C)C)CC2)cc1 AlphaDrug 1L3L ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13703 C[SH](=O)(c1ccccc1)c1ccc(-c2ccccc2)cc1 AlphaDrug 1L3L ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13704 COc1ccc(S(=O)(=O)c2ccc(CCCC3CCCCC3)cc2)cc1 AlphaDrug 1L3L ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13705 COc1ccc(S(=O)(=O)NC(CC2CCCCCC2)CC2CCCC2)cc1 AlphaDrug 1L3L ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13706 COc1ccc(S(=O)(=O)NC(CCC2CCCCCC2)Cc2ccc(OC)c(OC)c2)cc1 AlphaDrug 1L3L ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13707 C[SH](=O)(c1ccc(-c2ccccc2)cc1)c1ccc(C2(N3CCC(C(=O)O)CC3)CC2)cc1 AlphaDrug 1L3L ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13708 COc1ccc([SH](=O)(NCc2ccccc2)C2CCCCC2)cc1 AlphaDrug 1L3L ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✖ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13709 COc1ccc(S(=O)(=O)NC2CCC(O)CCC2OCC2CCCCC2)cc1 AlphaDrug 1L3L ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
13710 COc1ccc(S(=O)(=O)NC(CCc2cccc(OC)c2)CC2CCCCC2)cc1 AlphaDrug 1L3L ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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