DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
1591 O=C(O)C(Cc1cccc(-c2cccc(N3C=CNCC3)c2)c1)c1ccc(-c2cccc(Cl)c2)cc1 AlphaDrug 5MG2 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1592 O=C(O)C(Cc1cccc(-c2cccc(N3CCNCC3)c2)c1)c1ccc2ccccc2c1 AlphaDrug 5MG2 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1593 CC(Cc1c[nH]c2ccccc12)NC(=O)C(CC(=O)OCc1ccccc1)C(=O)O AlphaDrug 4CWF ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1594 CC(Cc1c[nH]c2ccccc12)NC(=O)C(Cc1cccc2ccccc12)Nc1cccc(-c2cccc3ccccc23)c1 AlphaDrug 4CWF ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1595 Cc1ccc(-c2nc3ccc(NC4CCC(C)CC4)cc3[nH]2)cc1OCC(N)Cc1ccccc1 AlphaDrug 4CWF ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1596 CC(Cc1c[nH]c2ccccc12)NC(=O)C(Cc1cccc2ccccc12)Nc1cnc(-c2ccccc2)cn1 AlphaDrug 4CWF ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1597 CC(Cc1c[nH]c2c(-c3ccc(-c4cccc(OCCCN5CCCCC5)c4)cc3)cccc12)C(=O)O AlphaDrug 4CWF ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1598 CC(Cc1c[nH]c2c(Cl)cccc12)NC(=O)OCc1ccc(-c2ccccc2)cc1 AlphaDrug 4CWF ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1599 COc1ccc(-c2cc(-c3ccc(-c4ccccc4-c4nnn[nH]4)cc3)ccc2OCc2cnc(-c3ccccc3)cc2C(=O)O)cc1 AlphaDrug 4CWF ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1600 CC(Cc1c[nH]c2ccccc12)NC(=O)c1cccc(CCC(N)=O)c1 AlphaDrug 4CWF ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1601 CC(Cc1c[nH]c2ccccc12)NC(=O)C(Cc1ccccc1)C(O)CC(NC(=O)OCc1ccccc1)C(=O)O AlphaDrug 4CWF ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1602 COc1ccc(-c2cc(CCC(O)C(=O)O)ccc2C(=O)NC(Cc2ccccc2)C(=O)O)cc1 AlphaDrug 4CWF ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1603 O=C(O)C1CCCC(Nc2nc(-c3ccc(Oc4ccccc4)cc3)ncc2C(F)(F)F)CC1 AlphaDrug 6F9U ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1604 O=C(O)C1CCCC(c2cc(Cl)c3nc(-c4c[nH]c5c(-c6ccc(-c7ccccc7)cc6)cccc45)[nH]c3c2)CC1 AlphaDrug 6F9U ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1605 O=C(O)c1ccc(Cn2nc(OCc3ccccc3)cc2C2CCCC(C(=O)O)CC2)cc1 AlphaDrug 6F9U ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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