Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
1636	Cc1cc(C(=O)NCC2CCCCC2)ccc1C(=O)/N=C/C1(c2nc(C3CCCC3)no2)CCCCCC1	AlphaDrug	7VNB	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
1637	CC(C)Oc1ccc(-c2nnc(-c3cccc(CCCC(=O)N4CCN(C5CCCCC5)CC4)c3)o2)cc1	AlphaDrug	7VNB	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
1638	Cc1cc(-c2cccc(N3CCN(C(F)(F)F)CC3)n2)ccc1C(=O)/N=C/C1(c2cccc(Cl)c2)CCCCCC1	AlphaDrug	7VNB	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
1639	Cc1cc(-c2cccc(N3CCC(C(=O)NCCO)CC3)c2)ccc1C(=O)NCC1(c2cccc(Cl)c2)CCCCCC1	AlphaDrug	7VNB	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
1640	Cc1cc(-c2cccc(-c3nnn[nH]3)c2)ccc1C(=O)NCC1(c2cccc(Cl)c2)CCC=CCC1	AlphaDrug	7VNB	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
1641	Cc1cc(-c2cccc(NC(=O)c3cnn(C)c3)c2)ccc1C(=O)NCC1(c2cccc(Cl)c2)CC=CCCC1	AlphaDrug	7VNB	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
1642	CC(C)Oc1ccc(-c2nn(Cc3ccc(S(=O)(=O)NC4CCCCCC4)cc3)c3ccccc23)cc1	AlphaDrug	7VNB	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
1643	CC(C)Oc1ccc(-c2nn(Cc3ccc(S(=O)(=O)C4CCN(C5CCCCC5)C4)cc3)c3ccccc23)cc1	AlphaDrug	7VNB	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
1644	Cc1cc(-c2cccc(NC3CCCCC3)c2)ccc1C(=O)NCC1(c2cccc(Cl)c2)CCCCCC1	AlphaDrug	7VNB	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
1645	Cc1cc(-c2cccc(C(F)(F)F)c2)ccc1C(=O)NCC1(c2ncc(Cl)cn2)CCCCCCC1	AlphaDrug	7VNB	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
1646	Cc1cc(-c2cccc(CC3CCCCCC3)c2)ccc1C(=O)NCC1(c2cccc(Cl)c2)CCCCCC1	AlphaDrug	7VNB	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
1647	CC(C)Oc1ccc(-c2nn(Cc3ccc(S(=O)(=O)N4CCN(C5CC=CCCC5)CC4)cc3)c3ccccc23)cc1	AlphaDrug	7VNB	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
1648	Cc1cc(C(=O)NCC2CCCCCC2)ccc1C(=O)NCC1(c2ccc(F)c(F)c2)CCCCCC1	AlphaDrug	7VNB	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
1649	Cc1cc(-c2cccc(CC(C)(C)C)c2)ccc1C(=O)NCC1(c2cccc(Cl)c2)CCCCCC1	AlphaDrug	7VNB	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
1650	Cc1cc(-c2ccc(CC(=O)N3CCOCC3)cc2)ccc1C(=O)NCC1(c2ccc(Cl)cc2)CCCCCC1	AlphaDrug	7VNB	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

1636 to 1650 of 73725 items. Total 4915 pages.