Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
1621	Cc1nc2cc(-c3n[nH]c4cc(-c5ccnc(F)c5)ccc34)ccc2n1C(C)C	AlphaDrug	4D4D	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
1622	Cc1nc2cc(-c3n[nH]c4cc(-c5cccnc5)ccc34)ccc2n1C(C)C	AlphaDrug	4D4D	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
1623	Cc1ccc(NC(=O)c2cc(C(N)=O)cc(-c3ccc(C)cc3)c2)cc1	AlphaDrug	4MSC	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
1624	Cc1ccc(NC(=O)c2cc(C(=O)O)cc(-c3ccc(Cc4ccccc4C(F)(F)F)cc3)c2)c(C(F)(F)F)c1	AlphaDrug	4MSC	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
1625	Cc1ccc(NC(=O)c2cc(C(=O)O)cc(-c3ccc(CN4CC(F)(F)C4)cc3)c2)cc1	AlphaDrug	4MSC	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
1626	Cc1nc2ccc(Oc3ccc(N4CCN(c5ccc(C(=O)NO)cc5)CC4)nc3)cc2s1	AlphaDrug	4MSC	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
1627	NC(=O)CCC(=O)N1CCc2cc(Nc3ccc(F)cc3)ccc2C1	AlphaDrug	4MSC	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
1628	Cc1ccc2cc(C(=O)NC3CCN(c4ccc(Cl)cc4)CC3)sc2c1	AlphaDrug	4MSC	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
1629	Cc1ccc(NC(=O)c2cc(C(=O)O)cc(-c3ccc(CN4CCC(C(=O)NO)CC4)cc3)c2)cc1	AlphaDrug	4MSC	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
1630	Cc1ccc(NC(=O)c2cc(C(=O)O)cc(-c3ccc(F)cc3)c2)cc1	AlphaDrug	4MSC	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
1631	Cc1ccc(NC(=O)c2cc(-c3ccc(CC(=O)O)cc3)ccc2O)cc1	AlphaDrug	4MSC	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
1632	Cc1ccc(NC(=O)c2cc(-c3ccc(CCN4CCCCC4)cc3)ccc2C)cc1	AlphaDrug	4MSC	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
1633	CC(C)Oc1ccc(-c2nn(Cc3ccc(N4CCN(C5CCCCC5)C4)cc3)c3ccccc23)cc1	AlphaDrug	7VNB	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
1634	Cc1cc(-c2cccc(N3CCS(=O)(=O)c4ccccc43)c2)ccc1C(=O)NCC1(c2cccc(Cl)c2)CCCCCC1	AlphaDrug	7VNB	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
1635	Cc1cc(-c2cccc(CC(C)C)c2)ccc1C(=O)NCC1(c2cccc(Cl)c2)CCCCCC1	AlphaDrug	7VNB	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

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