Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
1651	CCCc1ccc(S(=O)(=O)Nc2ccc(N3CCN(c4cccc(C(F)(F)F)c4)CC3)cc2)cc1	AlphaDrug	7VNB	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
1652	Cc1cc(-c2ccccn2)ccc1C(=O)/N=C/C1(c2cccc(Cl)c2)CC=CCCC1	AlphaDrug	7VNB	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
1653	Cc1cc(-c2cccc(S(=O)(=O)c3ccccc3)c2)ccc1C(=O)NCC1(c2cccc(Cl)c2)CCCCCC1	AlphaDrug	7VNB	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
1654	Cc1cc(N2CCN(c3cccc(Cl)c3F)CC2)ccc1C(=O)Nc1cccc(C(F)(F)F)c1	AlphaDrug	7VNB	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
1655	Cc1cc(-c2cccc(-c3ccccn3)c2)ccc1C(=O)NCC1(c2cccc(Cl)c2)CCCCCC1	AlphaDrug	7VNB	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
1656	Cc1cc(-c2cccc(CCC3CCCCC3)c2)ccc1C(=O)NCC1(c2cccc(Cl)c2)C=CCCCC1	AlphaDrug	7VNB	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
1657	Cc1cc(-c2cccc(C(F)(F)F)c2)ccc1C(=O)NCC1(c2ccc(F)cc2)/C=C\CCCCC1	AlphaDrug	7VNB	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
1658	Cc1cc(N2CCN(c3cccc(C(F)(F)F)c3F)CC2)ccc1NC(=O)c1cccc(C(F)(F)F)c1	AlphaDrug	7VNB	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
1659	CC(C)Oc1ccc(-c2nn(Cc3ccc(S(=O)(=O)N4CCCN(C5CCCCC5)CC4)cc3)c3ccccc23)cc1	AlphaDrug	7VNB	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✖	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
1660	CC(=O)N1C=CN(CC(O)CCOc2cccc(-c3ccc(C(=O)/N=C/C4(c5cccc(Cl)c5)CCCCCC4)c(C)c3)c2)CC1	AlphaDrug	7VNB	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
1661	CC(C)Oc1ccc(-c2nn(Cc3ccc(N4CCN(c5cccc(Cl)c5)CC4)cc3)c3ccccc23)cc1	AlphaDrug	7VNB	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
1662	Cc1cc(-c2cccc(CCOc3ccccc3)c2)ccc1C(=O)NCC1(c2cccc(Cl)c2)CCC=CCC1	AlphaDrug	7VNB	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
1663	CC(C)Oc1ccc(-c2nn(Cc3ccc(N4CCN(C5CCCCC5)CC4)cc3)c3ccccc23)cc1	AlphaDrug	7VNB	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
1664	Cc1cc(-c2cccc(N3CCN=CC3C(=O)NCc3ccccn3)n2)ccc1C(=O)/N=C/C1(c2cccc(Cl)c2)CCCCCC1	AlphaDrug	7VNB	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
1665	CC(C)Oc1ccc(-c2nn(Cc3ccc(N4CCN(C5CCCC5)CC4)cc3)c3ccccc23)cc1	AlphaDrug	7VNB	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

1651 to 1665 of 73725 items. Total 4915 pages.