DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
1666 CC(C)Oc1ccc(-c2nn(Cc3ccc(N4CC5CCC4CC5)cc3)c3ccccc23)cc1 AlphaDrug 7VNB ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1667 Cc1cc(-c2cccc(-c3ccccc3)c2)ccc1C(=O)NCC1(c2nc(C3CC3)no2)CCCCCC1 AlphaDrug 7VNB ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1668 CC(C)Oc1ccc(-c2nn(Cc3ccc(S(=O)(=O)N4CCN(C(=O)NC5CCCCC5)CCOCCOCCOCCCOCCCOCCCOCCCOCCCOCCCN4)cc3)c3ccccc23)cc1 AlphaDrug 7VNB ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1669 CC(C)Oc1ccc(-c2nn(Cc3ccc(N4CCN(C5CCCCC5)CC4)nc3)c3ccccc23)cc1 AlphaDrug 7VNB ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1670 Cc1cc(-c2cccc(C(F)(F)F)c2)ccc1C(=O)NCC1(c2ccc(Cl)cc2)CCCCC1 AlphaDrug 7VNB ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1671 Cc1cc(-c2cccc(N3CCNCC3)c2)ccc1C(=O)NCC1(c2cccc(Cl)c2)CCCCCC1 AlphaDrug 7VNB ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1672 Cc1cc(-c2cccc(CN3CCN(C4CCCCC4)CC3)c2)ccc1C(=O)NCC1(c2cccc(Cl)c2)CCCCCC1 AlphaDrug 7VNB ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1673 CC(C)Oc1ccc(-c2nn(Cc3ccc(N4CCC5(CCCCC5)C4)nc3)c3ccccc23)cc1 AlphaDrug 7VNB ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1674 Cc1cc(-c2cccc(COc3ccccc3)c2)ccc1C(=O)NCC1(c2cccc(Cl)c2)CCCCCC1 AlphaDrug 7VNB ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1675 CC(C)Oc1ccc(-c2nn(Cc3ccc(N4CCN(c5cccnc5)CC4)cc3)c3ccccc23)cc1 AlphaDrug 7VNB ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1676 Cc1cc(-c2cccc(N3CCS(=O)(=O)CC3)n2)ccc1C(=O)NCC1(c2cccc(Cl)c2)CCCCCC1 AlphaDrug 7VNB ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1677 Cc1cc(-c2ccc(F)cc2)ccc1C(=O)NCC1(c2cccc(Cl)c2)CCCCCC1 AlphaDrug 7VNB ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1678 CC(C)Oc1ccc(-c2nn(Cc3ccc(S(=O)(=O)N4CCN(c5ccccn5)CC4)cc3)c3ccccc23)cc1 AlphaDrug 7VNB ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1679 Cc1cc(-c2cccc(C(F)(F)F)c2)ccc1C(=O)NCC1(c2cccc(Cl)c2)CCCCC1 AlphaDrug 7VNB ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1680 CC(C)Oc1ccc(-c2nnc(-c3ccc(CC4CCN(C5CCCCC5)CC4)c4ccccc34)o2)cc1 AlphaDrug 7VNB ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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