Target

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

Section 3: Detailed Test Result Search

id	smiles	method	pdb id	PB valid	mol pred loaded	mol true loaded	mol cond loaded	sanitization	all atoms connected	bond lengths	bond angles	internal steric clash	aromatic ring flatness	double bond flatness	internal energy	protein ligand maximum distance	minimum distance to protein	minimum distance to organic cofactors	minimum distance to inorganic cofactors	minimum distance to waters	volume overlap with protein	volume overlap with organic cofactors	volume overlap with inorganic cofactors	volume overlap with waters
1711	CC(C)Oc1ccc(-c2nn(Cc3ccc(S(=O)(=O)N4C=CN(c5cccc(C(F)(F)F)c5)CC4)cc3)c3ccccc23)cc1	AlphaDrug	7VNB	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
1712	Cc1cc(-c2cccc(OC3CC3)c2)ccc1C(=O)NCC1(c2cccc(Cl)c2)C=CCCCC1	AlphaDrug	7VNB	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
1713	CC(C)Oc1ccc(-c2nn(Cc3ccc(S(=O)(=O)N4C=CN(c5cccc(Cl)c5)CC4)cc3)c3ccccc23)cc1	AlphaDrug	7VNB	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
1714	Cc1cc(-c2nn(Cc3ccc(C(F)(F)F)cc3)c3cnccc23)ccc1C(=O)NCC1CC1	AlphaDrug	7VNB	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
1715	Cc1cc(N2C=CN(c3cccc(C(F)(F)F)c3)C=C2)ccc1NC(=O)c1cccc(C(F)(F)F)c1	AlphaDrug	7VNB	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
1716	Cc1cc(-c2cccc(N3CCCNCC3)n2)ccc1C(=O)NCC1(c2cccc(Cl)c2)CCCCCC1	AlphaDrug	7VNB	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
1717	CC(C)Oc1ccc(-c2nn(Cc3ccc(S(=O)(=O)N4CCN(C(=O)NCC5CCCCC5)CC4)cc3)c3ccccc23)cc1	AlphaDrug	7VNB	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
1718	Cc1cc(-c2cccc(C(F)(F)F)c2)ccc1C(=O)/N=C/C1(c2ccc(C(F)(F)F)cc2)CCCCCC1	AlphaDrug	7VNB	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
1719	CC(C)Oc1ccc(-c2nn(Cc3ccc(S(=O)(=O)N4CCN(c5cccc(Cl)c5)CC4)cc3)c3ccccc23)cc1	AlphaDrug	7VNB	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
1720	CC(C)Oc1ccc(-c2nn(Cc3ccc(N4CCN(C5CCC5)CC4)cc3)c3ccccc23)cc1	AlphaDrug	7VNB	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
1721	Cc1cc(-c2cccc(N3CCS(=O)(=O)CC3)c2)ccc1C(=O)NCC1(c2cccc(Cl)c2)CCCCCC1	AlphaDrug	7VNB	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
1722	CC(C)Oc1ccc(-c2nn(Cc3ccc(S(=O)(=O)N4CCN(c5ccccn5)CC4)cc3)c3ccc(Cl)cc23)cc1	AlphaDrug	7VNB	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
1723	Cc1cc(-c2cccc(-c3ccccn3)c2)ccc1C(=O)NCC1(c2nc(C3CC3)no2)CCCCCC1	AlphaDrug	7VNB	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
1724	CC(C)Oc1ccc(-c2nn(Cc3ccc(N4CCC(N5CCOCC5)CC4)nc3)c3ccccc23)cc1	AlphaDrug	7VNB	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔
1725	Cc1cc(-c2cccc(OC(F)(F)F)c2)ccc1C(=O)NCC1(c2cccc(Cl)c2)C=CCCCC1	AlphaDrug	7VNB	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔	✔

1711 to 1725 of 73725 items. Total 4915 pages.