DrugGen

Introduction

We evaluated the molecular generation methods and generated molecules using PoseBusters[paper]. Considering that PoseBusters is also suitable for evaluating molecular docking methods, we only retained indicators that may have reference significance in molecular generation and displayed all evaluation results on this page.

Section 1: An Overview of PoseBusters

Section 2: PoseBusters Filter Waterfall

The moleculars that cannot be Kekuleized have been excluded.

Section 3: Detailed Test Result Search

id smiles method pdb id PB valid mol pred loaded mol true loaded mol cond loaded sanitization all atoms connected bond lengths bond angles internal steric clash aromatic ring flatness double bond flatness internal energy protein ligand maximum distance minimum distance to protein minimum distance to organic cofactors minimum distance to inorganic cofactors minimum distance to waters volume overlap with protein volume overlap with organic cofactors volume overlap with inorganic cofactors volume overlap with waters
1771 Cc1ccc(CN2C(=O)/N=C(/N)NC(=O)NC(c3ccc(Cl)cc3)C2=O)cc1C AlphaDrug 5OQ8 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1772 Cc1cc(C(=O)O)ccc1C(=O)NC(C(=O)NC(C(=O)NC(CC1CCCC1)c1ccccc1)C(C)C)C(C)C AlphaDrug 5OQ8 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1773 Cc1ccc(-c2cc(C(=O)NC3CCCCC3C(=O)NC(C)(C)C)sc2C(=O)NC(CC(C)C)C(=O)O)cc1 AlphaDrug 5OQ8 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1774 Cc1ccc(C(F)(F)F)cc1CS(=O)(=O)N1CCCC1C(=O)NC(CCn1ccnn1)C1CC1 AlphaDrug 5OQ8 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1775 Cc1ccc(C(=O)NC2CCCCC2)cc1Cn1nncc1C(=O)NC(CC(C)C)C(=O)NC(CC1CCCCC1)c1ccccc1 AlphaDrug 5OQ8 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1776 Cc1nc2ccc(C(=O)NCC(=O)O)cc2n1Cc1ccc(C(F)(F)F)cc1 AlphaDrug 5OQ8 ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1777 CC(C)CN1CCC(Oc2cc(-c3cn[nH]c3C(=O)NCCN3CCCC3)cc(C(F)(F)F)c2)CC1 AlphaDrug 4YJI ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1778 CC(C)CN1CCC(Oc2cc(-c3nsc4c(C(N)=O)csc34)ccc2C(F)(F)F)CC1 AlphaDrug 4YJI ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1779 COc1c(O)cc(C(C)C)cc1C(=O)NC1(c2ccc(C(C)(C)C)cc2)CCN(CC(C)C)CC1 AlphaDrug 4YJI ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1780 CC(C)CN1CCC(Oc2cc(-c3ccc(C(=O)Nc4ccccc4C(=O)O)cc3)cc(C(F)(F)F)c2)CC1 AlphaDrug 4YJI ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1781 CC(C)CN1CCC(Oc2cc(-c3ccccc3)cc3c(C(=O)NO)cnn23)CC1 AlphaDrug 4YJI ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1782 CC(C)CN1CCC(Oc2cc(C(=O)NO)cc(-c3cc(F)ccc3C(F)(F)F)c2)CC1 AlphaDrug 4YJI ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1783 CC(C)CN1CCC(Oc2cc(-c3cnn(C4(C(=O)O)CCN(CC(=O)O)C4)c3)cc(C(F)(F)F)c2)CC1 AlphaDrug 4YJI ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1784 CC(C)CN1CCC(Oc2cc(-c3ccncc3)cc(C(F)(F)F)c2)CC1 AlphaDrug 4YJI ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔
1785 CC(C)CN1CCC(Oc2cc(/N=c3\c(=O)c4ccccc34)cc(C(F)(F)F)c2)CC1 AlphaDrug 4YJI ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔ ✔

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